东南大学信息科学与工程学院（原南京工学院无线电工程系）的办学历史，可追溯到1923年国立东南大学建立的电机工程系。该系设有电机制造、荷电铁道、无线电三个组。

1928年，国立东南大学更名为国立中央大学。

解放后，国立中央大学改名为国立南京大学。

1952年，以南京大学工学院为主体，并入了金陵大学和江南大学的工科系科，建立了南京工学院，并将电机工程系分设为电力工程系和电机工程系。电机工程系是无线电工程系的前身。

1953年，在全国高等学校的院系调整中，有浙江大学、厦门大学、山东工学院的电信系并入，建立了无线电工程系。

1956年，三分之一的教师支援新建的成都电讯工程学院（现电子科技大学）。

1962年，电真空器件专业从无线电工程系分出，单独成立了电子器件系（现东南大学电子科学与工程学院）。

2006年3月，东南大学无线电工程系更名为东南大学信息科学与工程学院。

2012年，学院牵头联合清华大学、电子科技大学、北京邮电大学、哈尔滨工业大学、南京邮电大学、重庆邮电大学、解放军信息工程大学等八所高校以及中国移动、华为技术、中兴通讯、大唐电信四家企业，组建无线通信技术协同创新中心。

2015年12月，东南大学信息科学与工程学院在二级学科基础上设立二级系建制，设有通信工程系、电磁场与微波工程系、信息与信号处理工程系、电路与系统工程系、网络与信息安全工程系。

2018年4月，信息安全学科从学院分出，和相关学院组建成立东南大学网络空间安全学院。