办公室

负责文电、会务、机要、档案、后勤等机关日常运转工作。负责起草重要报告和综合性文件。负责信息、安全保密、信访、宣传、政务公开、政策法规工作。负责机关财务、资产管理等工作。组织协调信息化和应急管理工作。负责机关的党群工作、意识形态工作。承担机关的人事管理、机构编制、劳动工资、工会等工作。牵头负责轨道交通建设及TOD开发相关采购招标、合同管理工作。完成市纪委监委驻市交通运输局纪检监察组交办的工作。组织对涉及轨道交通及TOD范围内的其他建议项目提出意见。负责市TOD轨道办日常工作。负责市轨道交通1号线现场指挥部综合协调工作。

总工室

负责东莞南站指挥部等局交办的专项工作。牵头负责局关于轨道工程、TOD综合开发相关技术、政策研究工作。负责轨道交通地理信息系统等技术系统的开发、管理工作。

规划和用地科

组织全市轨道交通一体化规划研究、轨道综合枢纽规划方案研究。参与编制城市轨道交通线网规划、有轨电车交通专项规划。组织编制城市轨道交通建设规划。牵头组织编制轨道站点TOD总体策略研究、轨道站点TOD综合开发规划、轨道站点综合体概念方案。组织拟订轨道站点周边土地核心区、控制区和协调区的范围，统计轨道站点周边的宗地情况。组织拟订轨道沿线及TOD地区土地收储及供应计划，督促园区、镇（街道）完成TOD地区土地收储任务。负责核算土地出让前期成本。负责对TOD范围内其他建设项目土地出让条件、规划方案提出审查意见。协调轨道交通建设和TOD开发涉及的用地报批、征地拆迁、管线迁改等工作。负责市轨道交通1号线现场指挥部征地拆迁组工作。

轨道建设科

负责拟订轨道专项资金支出计划、轨道专项资金年度筹集计划。负责组织编制轨道交通线路建设投融资方案，并监督检查投融资方案的执行情况。统筹协调城市轨道交通和相关配套工程的工程可行性研究报告编制、建设管理、竣工验收等工作。参与城市轨道交通建设项目的初步设计审查工作。参与编制国家铁路、省管铁路建设规划及年度计划。协调本市境内国家铁路、省管铁路的线、站位及其配套设施的规划、设计、建设等工作。负责省管铁路工程安全生产属地行业管理和职业健康监管工作。协调涉及本市境内轨道交通建设事故的调查和处理，以及房屋受损处置等工作。统筹局职能范围内安全生产工作。负责市轨道交通1号线现场指挥部建设开发组工作。

综合开发科

负责组织编制TOD综合开发计划及协调推进计划的实施。协调推进轨道交通TOD地区城市更新及开发项目容积率调整并提出审查意见。负责编制市统筹、市镇联合统筹的轨道站点地区投资开发方案和产业策划方案，指导园区、镇（街道）编制镇统筹的轨道站点地区投资开发方案和产业策划方案。负责研究拟定轨道交通TOD物业发展战略和轨道交通资源开发整体规划。组织编制轨道交通线路建设和综合开发资金平衡方案。负责轨道站点对接接口、资源物业等开发管理工作。

轨道运营管理科

落实国家、省、市和相关职能部门城市轨道交通运营有关的方针政策和工作部署。负责全市城市轨道交通运营行业管理。负责城市轨道交通行政执法工作。负责指导、监督城市轨道交通运营单位执行运营管理政策法规和标准规范。组织开展城市轨道交通运营安全检查和评估。组织制定和牵头实施城市轨道交通运营突发事件应急预案。组织开展城市轨道交通运营审计及服务质量评价工作。负责城市轨道交通运营保护区的划定，组织建立和健全运营保护区联防联控工作机制，统筹运营保护区的监督管理工作。组织协调全市轨道交通安全保护工作，协调涉及本市境内轨道交通运营事故的调查和处理等工作，督促运营单位做好运营保护区巡查及安全保护标识标牌的设置、更新工作。负责协调本市境内国家铁路、省管铁路的运营管理工作。参与市轨道交通票价拟定和调整工作。