根据《国务院办公厅关于印发国家煤矿安全监察局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（国办发〔2005〕12号），国家煤矿安全监察局设3个职能机构：

（一）综合司（技术装备司）

组织协调机关办公，承担机关行政事务相关工作；研究和参与起草有关法律法规、生产规程和标准，拟定规章和命令；按分工负责有关人事、财务、发展规划和科技项目等管理工作；负责组织煤矿安全生产科研及科技成果推广工作；协调全国煤矿安全技术装备保障工作；组织煤矿使用的设备、材料、仪器仪表的安全监察管理工作。

（二）安全监察司

依法监察煤矿企业贯彻执行安全生产法律、法规情况及其安全生产条件、设备设施安全和作业场所职业卫生情况，依法查处不具备安全生产条件的煤矿；组织煤矿建设工程安全设施的设计审查和竣工验收；负责煤矿安全生产许可证的颁发管理和矿长安全资格、煤矿特种作业人员（含煤矿矿井使用的特种设备作业人员）的培训发证工作；指导和监督煤矿安全评估工作；负责为煤矿服务的其他煤炭企业的安全生产监督检查工作；对地方煤矿安全监督管理工作进行检查指导，并向有关地方人民政府及其有关部门提出意见和建议。

（三）事故调查司

依法组织或参与煤矿重大、特大和特别重大事故的调查处理并监督事故查处的落实情况；指导协调或参与煤矿事故应急救援工作；承办煤矿安全生产方面的行政复议，监督执法行为；负责全国煤矿事故与职业危害的统计分析，发布全国煤矿安全生产信息；负责国家煤矿安全监察专员的日常工作 。