1966年4月25日，地质部宣布地质部地震地质大队成立。地震地质大队为地质部的直属单位，下设华北、西南、西北、中南四个区队。

1970年3月25日，地质部将地震地质大队交由中国科学院领导。同年5月，将地震地质大队下属的华北、中南、西南、西北区队移交各省（市）地震工作部门领导。

1972年，地震地质大队迁至北京市海淀区西三旗。

1972年8月，中国科学院办公会议决定，地震地质大队由国家地震局直接领导。

1986年2月6日，国家地震局批准国家地震局地震地质大队更名为国家地震局地壳应力研究所。

1998年3月29日，国务院批准国家地震局更名为中国地震局。同年4月20日，中国地震局批准国家地震局地壳应力研究所更名为中国地震局地壳应力研究所。

2000年至2002年，中国地震局地壳应力研究所被列为科技部社会公益科研院所管理体制改革试点单位。

2002年至2004年，中国地震局地壳应力研究所列入科技部、财政部、中编办、中国地震局等部委科技体制改革试点单位。