中国审计学会成立以来，积极组织推动中国的审计理论研究工作，开展的重大课题研究主要有：审计基础理论与审计技术方法研究；审计在国家政治经济活动中的地位、作用与任务；政府审计监督体制研究;审计组织管理体系及审计管理研究；审计法制研究；内部控制评估；财政审计、金融审计、企业审计、经济责任审计、经济效益审计、环境审计研究等。特别是近两年来实行审计科研课题招标制，实行以审计署名义课题立项，不但提高了审计理论的研究水平，还进一步推动了高等院校的理论工作者与实务部门的专家的紧密结合和理论与实践的结合。2005年又制订颁布了《中国审计学会2005至2009年审计理论研究规划》，来指导全国的审计理论研究工作。
