办公室：拟定局机关内部规章制度；组织协调局机关日常工作，负责本系统重要事项的督查督办；承担文秘、档案、保密、会务、信息、政务信息、电子政务、政务公开等工作；组织开展环境保护政策研究；组织实施环境保护行政执法责任制，指导、监督和管理环保系统行政执法，组织开展环境保护执法检查；承办环境保护行政复议、行政诉讼、行政赔偿等法律事务；参与拟订生态补偿政策和有关环境经济政策；承担局机关和所属单位的组织建设、思想建设和党风廉政工作；承担人事、机构编制工作；负责机关党群工作；组织环境保护系统人才培训；承担环保系统工作目标考核工作；组织开展环境保护宣传工作；承担环境保护新闻发布有关工作；建立和实施生态环境质量发布制度；统一发布环境状况公报、环境综合性报告和重大环境信息；推动社会公众和社会组织参与环境保护；协调有关环境保护国际公约的履约工作；拟定监督执行有关环境保护资金管理办法和财务管理制度；提出环境保护领域固定资产投资规模和方向、财政性资金安排的建议，并会同有关部门做好组织实施和监督工作；承担接受财政、审计机关的检查或审计工作；组织实施内部审计工作；监督排污费的使用管理。

污染防治科：拟订污染物排放总量控制规范性文件并组织实施，拟订并组织实施主要污染物排放总量控制计划；参与排污权交易工作；组织制定环境状况公报；承担环境统计和污染源普查工作；参与节能减排财政和价格补贴核准工作；组织开展环境保护科学技术研究、科技攻关和新工艺、新技术工程示范；拟订并组织实施地方环保标准管理办法、技术规范和污染防治技术政策；承担环境保护专家库、环境污染治理设施运营单位资质的管理工作；参与指导和推动发展循环经济、推进新型工业化和环境产业有关工作；参与应对气候变化相关工作；拟订并组织实施环境监测规范性文件；组织开展生态环境质量监测、污染源监督性监测和突发性环境污染应急监测；负责环境监测质量的统一监督管理；组织实施环境监测报告制度、环境质量预警制度；负责环境质量调查评估；组织编报环境质量报告书；负责环境监测机构能力建设和监测人员持证考核工作；拟订环境保护信息系统的建设和管理。

综合管理科（农村环境保护科）：组织拟订并监督实施环境保护规划和重点区域、流域、行业污染防治规划及饮用水水源地环境保护规划；负责各项环境保护、生态建设规划的协调、审核与报批工作；参与拟订国民经济和社会发展规划及有关专项规划，参与拟订城市总体规划、土地利用总体规划，并负责跟踪管理规划实施的相关工作；组织拟订环境功能区划和生态功能区划，参与拟订本县主体功能区划。负责生态环境质量调查和评估；检查和协调指导各类自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；监督检查和协调指导生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护工作；参与市级以上自然保护区设立、变更、撤销的审议建议；监督生物技术环境安全，承担生物物种的保护和管理工作；指导、监督农村面源污染防治工作；监督管理畜禽、水产养殖污染防治工作；承担村庄生态环境综合整治工作；监督农村土壤污染修复和有机食品发展工作；参与水土流失和石漠化综合防治工作；组织实施生态示范区和生态农业建设；拟订和实施环境保护督查制度；拟订、分解和下达环境保护年度工作目标任务；承担党政一把手环保实绩考核工作；对县级有关部门和乡镇（街道）贯彻执行环境保护法律、法规、政策的情况和环境保护工作开展情况进行行政稽查；负责对部门和乡镇（街道）推进完成环境保护目标任务的情况和落实环境保护“一票否决制”的情况进行监督检查；提出县级部门和乡镇（街道）有关环境保护问责、责任追究及表彰奖励的建议。

污染物排放总量控制科：拟订污染物排放总量控制规范性文件并组织实施，拟订并组织实施主要污染物排放总量控制计划；参与排污权交易工作；组织制定环境状况公报；承担环境统计和污染源普查工作；参与节能减排财政和价格补贴核准工作；组织开展环境保护科学技术研究、科技攻关和新工艺、新技术工程示范；拟订并组织实施地方环保标准管理办法、技术规范和污染防治技术政策；承担环境保护专家库、环境污染治理设施运营单位资质的管理工作；参与指导和推动发展循环经济、推进新型工业化和环境产业有关工作；参与应对气候变化相关工作；拟订并组织实施环境监测规范性文件；组织开展生态环境质量监测、污染源监督性监测和突发性环境污染应急监测；负责环境监测质量的统一监督管理；组织实施环境监测报告制度、环境质量预警制度；负责环境质量调查评估；组织编报环境质量报告书；负责环境监测机构能力建设和监测人员持证考核工作；拟订环境保护信息系统的建设和管理。

行政许可服务科：组织实施环境保护评价规章制度；承担规划、政策、计划环境影响评价工作；承担开发建设规划环境影响评价的审查工作；按规定审查、审批本行政区域内涉核与辐射以外建设项目的环境影响评价文件；组织实施环境保护限批制度；贯彻执行建设项目环境保护“三同时”的法律、法规和规章；拟订并组织实施建设项目“三同时”的规范性文件；监督实施建设项目“三同时”制度，组织开展建设项目施工期间的环境监理工作；组织开展环境影响后评价工作；负责行政效能建设；承担排污费、监测费收取；负责排污许可证等面向社会服务、审核、审批件的收发。