根据上述职责，临沧市临翔区交通运输局内设4个机构。

（一）临沧市临翔区交通运输局办公室

负责文秘、档案、信访、机要、政务信息、督办、接待和行业电子政务工作；负责组织重要会议，编写史志，起草重要报告及综合性文件；负责组织办理议案、提案；承担机关规范性文件的合法性审核工作；负责机关和下属单位工、青、妇等群众组织工作；负责本单位交通工程专业技术人员和技术工人的职称申报及技术等级的考核推荐、评聘工作；指导交通运输行业精神文明与行风建设；负责拟定交通事业发展规划和年度计划；负责新闻宣传工作；负责行业职工教育、培训工作；承办领导交办的其他工作任务。

（二）临沧市临翔区交通运输局运输管理股

承担城乡道路、水路运输市场监督管理工作；组织拟定公路、水路运输有关政策、制度、标准和运营规范的实施意见并监督实施；承担运输线路、营运车辆、枢纽、运输站场等管理工作；承担公共汽车、出租汽车、汽车租赁等的指导工作；组织协调公路、水路有关工程建设和工程质量、安全生产监督管理工作。承办领导交办的其他工作任务。

（三）临沧市临翔区交通运输局规划建设与安全监督股

承担公路、水路基本建设市场监督工作，组织拟定公路、水路基本建设政策、制度、技术标准和实施办法并监督实施；承担公路、水路建设工程设计审批、施工许可、造价管理、招投标管理、实施监督和竣工验收工作；承担公路、水路建设行业资质审查和管理工作；指导农村公路建设工作；拟定有关公路、水路安全生产政策和应急预案；监督执行有关安全生产法律、法规、政策和标准，承担有关公路、水路运输企业安全生产监督工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作；承办领导交办的其他工作任务。

（四）临沧市临翔区地方海事处

贯彻执行国家有关内河交通安全管理法律、法规和地方性内河交通安全管理法规、规章，开展内河安全管理宣传教育；负责全区水路运输管理，渡口、码头、站点规划、测设及有关资料的整理上报；组织制订全区水路运输发展中长期规划和年度基本建设以及技术改造项目可行性研究的审核编报；负责全区内河改建或撤销水上交通船舶、渡口、码头等的审批及水上交通事故的调查处理；组织码头、渡口、站点建设项目竣工验收；负责全区水运安全统计、年报；负责全区船舶、船员的年度审验、考核培训。承办领导交办的其他工作任务。