1、办公室

协助局领导搞好机关日常工作，对各股室工作进行综合协调，负责局党委重要决策和工作部署的督办和检查；承办文秘、文电、政务信息、保密、文书档案等工作；负责局机关内部规章制度建设、机关卫生、女工及计划生育等工作；负责人大代表建议、政协委员提案的办理。

2、计划财务股

提出全市水利发展规划，制定水利物资供求计划和年度投资计划，负责水利综合经营生产、基建统计工作；指导水利行业的财会、会计管理工作，监督管理全市水利行业的固定资产；负责局机关财务工作；指导局属单位财务管理，会同有关部门对全市水利计划执行情况及资金使用进行监督管理，协助局纪检监察对局下属单位财务进行监察审计。

3、政工股

负责机关及所属单位的机构编制人员调配、劳动工资、保险福利工作；负责机关及所属单位的干部培训及专技人员职称评聘和工人技术等级考核工作；负责水利科技资料管理水利学会工作，做好干部的思想政治教育工作；负责离退休人员的管理服务工作。

4、水政水资源股

负责宣传贯彻水法律法规；研究拟订水利工作的规范性文件；负责全市水资源统一管理和保护；制订并监督实施水行政执法责任制；协调边界水事纠纷，承办水利局行政诉讼、行政复议及行业普法教育工作；组织实施取水许水可证制度，发布水资源信息，指导全市水文工作；拟订水资源保护规划；组织拟订全市和跨县(市)区的水长期供水计划、水量分配方案；组织水功能区的划分，监测江河湖泊水量、水质，审定水域纳污能力，提出不同水功能区限制排污总量意见；管理全市计划用水、节约用水及城市供水工作。

5、水利建设管理股

组织指导全市江河、湖泊、水库、河口滩涂等水域及其岸线的治理和开发；负责制订本市水利工程建设与管理的有关规定及实施办法，指导全市水利改革工作；负责本市山丘区水利工程(灌溉工程、农村人饮工程、乡镇供水工程、小水电工程等)的建设管理及年度计划的初步方案制订；组织协调农村水电电气化工作，对大中型水电站建设的选址、库容规划提出意见，组织指导水库、水电站、大坝等安全监管，负责全市水利工作质量检查、监督；承办岳阳市水务局建设与管理科、工程管理科委托办理的有关工作。

6、纪检监察室按章程设置与政工股合署办公。