（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作。负责机关和所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、职称管理等工作，指导水利行业人才队伍建设。负责机关离退休人员工作，指导所属单位离退休人员工作。

（二）计划财务科。组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划，审核全市重点水利工程项目建议书、可行性研究报告。指导水工程项目合规性审查工作。组织指导有关防洪论证工作，组织开展大型调水工程前期工作。提出全市水利基本建设投资计划和水利财政资金安排建议并组织实施。负责部门预决算的编制和执行、财务和资产管理，统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。负责水利统计工作。

（三）河湖和运行管理监督科。承担市河长制办公室的日常工作。负责组织河长制工作的协调、调度、督导和考核工作。指导辖区内重要河流、水域及其岸线的管理和保护。指导河道采砂监督管理工作。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。指导水利行业安全生产工作。负责指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行和管理。负责水利科技工作。

（四）水利和水保科。组织指导全市水利工程建设管理工作，按规定权限审批重点水利工程初步设计。组织实施水利工程建设质量管理工作，指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设工作。负责全市水土流失综合防治工作。组织编制水土保持规划并监督实施，组织全市水土流失监测。审批生产建设项目水土保持方案并监督实施。组织开展中型灌排工程建设与改造。组织指导农区饮水安全工程建设与管理工作。组织拟订农区水能资源开发规划，指导水电农村电气化等农村水能资源开发工作。

（五）水政和水资源管理科。负责组织起草相关政府规范性文件，研究拟订水利工作的政策并监督实施。指导水利行政许可工作并监督检查。承办行政复议、行政应诉、行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨区水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度。指导水量分配工作并监督实施。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作。组织编制全市水资源公报。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导节约用水工作，指导和推动节水型社会建设工作。指导协调水权收储工作并监督实施。

机关党委。负责机关和所属单位的党群、纪检等工作。