根据上述职责，井研县水务局设4个内设机构：
负责协助局领导处理日常事务；综合协调各股室工作；起草机关综合性文稿；负责组织文秘、机要、文印、政务信息、目标管理、档案管理、会务、来信来访、接待、治安保卫、综合治理和后勤工作；办理人大代表建议、政协委员提案；承办行政复议、行政应诉、行政赔偿和行政调解工作；负责建设管理县水务局门户网站；指导全县水务系统开展政务调研和经济交流；完成年鉴约稿，编写水利行业大事记。
负责局机关并指导局属事业单位的机构编制、人事劳动工资、事业单位人事制度改革等工作；按干部管理权限负责局机关中层干部及直属单位领导班子的推荐、选拔、任免工作；负责局机关离退休人员管理工作；组织专业技术职务的评聘、考核管理工作；协调组织技术岗位职工的培训、考核和鉴定工作；组织水务行业科技、科研和对外合作事宜；指导水务行业劳动工资、劳动保护、社会保险和统计工作；负责局机关和指导局属单位的党组织建设、思想政治、精神文明工作；指导全县水务行业发展、改革、稳定工作和队伍建设；承担局机关党组的日常工作。
组织编制水务行业财务中长期规划、年度预算及计划；拟订全县水务行业经济调节措施并组织实施；负责局机关财务管理；负责水务行业国有资产财务统计；对局直属事业单位财务进行内部审计和监督管理；受委托监管县水务行业国有资产。
组织实施水行政、渔业行政审批工作；承办水行政、渔业行政审批项目的咨询、受理、告知和送达；牵头或参与有关项目联审、代办工作；负责水行政、渔业行政审批项目的评审汇总、归集上报、信息发布和综合统计工作。
（井研县节约用水办公室）
指导全县水资源的统一规划、管理、配置、节约和保护工作；组织编制全县水资源总体规划和专业规划并监督实施；组织实施取水许可、水资源论证、水资源费征收工作；会同有关部门拟订水功能区划；审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；审查排污口的设置和改扩建；组织水资源的调查评价工作，监测河库水质、水量；指导全县节约用水、计划用水规划工作；编制跨乡镇水量分配计划并监督实施；发布井研县水资源公报。
组织编制实施全县供水、排水、污水处理、再生水利用规划和年度计划；监督管理城乡供排水运营工作；组织制定全县供水行业的服务标准并实施监督检查；组织城市非居民用水超定额加价收费管理工作；指导城乡饮水安全和供排水行业安全生产；指导实施供排水管线的改、扩、建工作；指导全县供水、排水、污水处理、再生水利用等基础设施建设；监督管理城镇自备井和城市排水接管工作；指导城乡供水应急管理。
指导全县河道的综合治理与开发；指导全县河道管护范围的划定、确权和定界；负责县管河道管理范围内建设项目规划同意书、工程建设方案、洪水影响评价报告、位置和界限审查，城市建设填堵水域、废除围堤审查；监督管理全县河道采砂工作，颁发河道采砂许可证、征收河道砂石资源费、管理河道采砂现场；指导制定重点河道清障计划和实施方案。
指导全县农村水利工程社会化服务体系建设；指导中小型水库水环境治理和农业节水工作；拟订全县农业用水计划并组织实施；组织制定管理和保护水利工程的规章制度并监督实施。
负责编制水务行业综合发展战略、中长期发展规划及年度计划并组织实施；组织编制流域区域水利综合规划和专项规划，协调流域开发工作；指导全县水利基本建设，实施行业监督管理；组织小型水利建设项目的项目建议书、可行性研究报告、初步设计报告的编制、审查或初审转报；负责具有控制性或跨乡镇重要水利工程建设的管理和验收；指导水利建设市场的监督管理；监督管理水利工程建设业主负责制、招投标制、工程监理制和合同管理制等制度的实施；对在建水利工程质量与安全进行监督和指导；组织受监督水利工程质量事故的处理；承办水务行业综合统计工作。
组织制定全县农村水利发展规划并组织实施；指导全县农村水利工程建设管理；指导灌区渠系配套与节水改造等农村重要水利工程建设、生产运行和安全管理；组织指导水库大坝的安全鉴定、病害治理和安全监督；组织指导小型水利工程移民工作。
组织制定全县水土保持规划并组织实施；指导全县水土保持预防监督、水土流失监测和综合防治工作；负责县级审批的开发建设项目水土保持方案审查、水土保持设施验收；负责县级审批项目水土保持规费征收工作；指导全县水利工程绿化工作。
拟订全县渔业资源保护、利用规划，实施渔业环境监测；对水产资源、水生野生动物实施监督管理和保护；组织指导水产品防疫、境内检疫和病害防治工作；指导水产养殖技术的推广，监督指导水产品质量安全和渔业生产安全；负责计划生育及计生“三结合”工作。
纪检监察机构和机关党组织按有关规定设置。
