根据上述职责，市水利水电工程移民局设3个内设机构：

（一）办公室

负责局机关文电、会务、机要、档案、信访、机构编制、人事、教育培训、财务、统计、政务服务、安全保密、社会治安综合治理、后勤保障、议案建议及提案办理、目标管理、综合性文稿起草等工作；负责对局机关国有资金的监督管理。

（二）移民安置科

负责全市境内大中型水利水电工程移民安置规划大纲和移民安置规划的审核工作；组织开展境内重大移民安置项目、迁复建专业项目规划设计的技术审核和规划变更与投资调整的审核；组织编制境内移民安置年度任务和资金计划；负责境内移民安置的指导、协调、监督和验收工作；组织开展和综合协调移民工作中重大问题的调查研究；承担移民安置工作宣传和相关行政复议、行政应诉工作；监督检查移民安置工作法律法规的执行情况。

（三）后期扶持科

负责全市大中型水利水电工程移民后期扶持规划、基础设施建设和经济发展规划编制的指导、管理及审核工作；承担全市新建大中型水库移民后期扶持人口的调查、登记和初步核定工作；负责移民后期扶持任务和资金年度计划的编制、下达；会同有关部门负责小型水库移民专项资金的安排、检查和监督；负责组织指导移民劳动就业技能培训；组织开展对全市水库移民后期扶持政策执行情况的指导、监督、检查和监测评估工作；承担后期扶持重大问题的调研和处理工作；承担移民后期扶持工作宣传和相关行政复议、行政应诉工作；监督检查移民后期扶持工作法律法规的执行情况。

纪检监察机构 市纪委、市监察局派驻市水利水电工程移民局专职纪检监察员。