根据上述职责，凉山彝族自治州国土资源局设13个内设机构:
（一）办公室。
负责文电、会务、接待、机要、档案等机关日常运转工作；组织国土资源重大课题调研；承担机关固定资产管理、综合业务与协调处理工作；承担政务公开、机关效能建设、国土资源管理综合目标考核和政务督察督办等工作。
（二）政策法规监察科。
承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和管理指导；组织有关国土资源管理法律、法规、政策、规定和相关配套法律、法规的宣传教育；组织本部门重大行政决策及行政执法决定听证、论证活动，承担行政复议工作；组织并配合州局各部门搞好行政应诉、行政调解工作；督促各县市国土资源局深入开展土地、矿产资源动态巡查工作，组织州局不定期开展动态巡查工作；组织查处重大土地、矿产违法案件和上级领导直接交办的案件，负责重大国土资源执法行为的合法性审查；指导各县市国土资源局依法按程序查处土地、矿产违法行为，规范案件卷宗归档工作。
（三）规划科。
编制实施国土、土地利用、矿产资源等综合规划，组织编制资源调查评价、开发、整理、复垦等专项规划；参与编制地质勘查、地质环境、矿山环境保护、地质灾害防治等专项规划，依法指导和审核国土资源相关规划；编制实施土地利用计划和国土资源调查评价计划；承担建设项目用地预审工作；开展全州国土资源经济形势分析，研究提出全州国土资源供需总量平衡的政策建议，参与全州宏观经济运行涉及国土资源领域问题的研究，承担综合统计和局内专业统计归口管理工作；组织实施有关国土资源的区域、城乡统筹协调、综合利用和循环经济的政策措施。
（四）耕地保护科。
组织实施耕地保护、基本农田保护、土地整理复垦开发的政策法规与管理办法，组织耕地保护、基本农田保护、土地整理复垦开发项目的申报和实施监管、验收工作；承担耕地保护责任目标和耕地占补平衡考核的有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况。贯彻执行国家农用地转用、土地征收征用和集体土地占用的法规和有关政策，拟订全州农用地转用、土地征收征用、临时用地、集体土地占用的地方政策措施；承办农用地转用、土地征收征用和集体土地占用的审查、报批工作，承办报国务院、国土资源部、省政府和州政府审批的用地事项的审核工作；负责农用地转用、土地征收征用批后实施的监督和备案工作，指导和监督各县市土地征收征用的补偿安置工作。
（五）地籍管理科。
组织起草全州地籍管理的相关规定，并指导各县市实施；拟定全州地籍工作计划和地籍工作相关作业指导书；负责全州土地权属管理工作，指导土地权属争议调处，依法按权限承担土地权属争议调处工作；指导全州土地登记资料的整理、共享和汇交管理工作，并承担州本级土地登记工作；负责拟定组织实施全州土地调查、土地统计和动态监测工作方案；负责指导全州地籍测绘、地籍调查和勘测定界审查认定工作；负责全州地籍管理信息系统建设和培训；指导全州各县市地籍管理工作。
（六）土地利用科。
负责城乡建设用地和土地市场管理工作；负责年度供地计划管理，规范农村宅基地审批和管理制度；规范国有土地使用权划拨、出让、租赁、作价出资（或入股）和转让行为；组织实施土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理政策；组织实施建设用地开发利用标准；承担节约集约用地评价和建设用地分等定级工作，负责土地的节约集约利用管理；负责基准地价、标定地价等地价管理工作，对土地市场和地价实施动态监测与监管；负责州属事业单位和改制企业国有土地资产处置的审核、报批工作；负责报州政府审批的州本级土地登记的国有土地划拨转出让、转让、收回、改变用途的审核、报批工作；指导各县市土地利用管理工作。
（七）矿产开发管理科。
负责矿产资源开发的管理，依法管理采矿权初审、转报和州级采矿权登记工作；指导县级采矿登记颁证工作；承担采矿权招标拍卖挂牌出让的管理工作；指导各县市国土资源局做好重点矿山企业矿产资源开发利用的年检和督查工作，提高重点矿山的资源回采率和综合利用率。完成年度矿山年检和开发利用统计年报等工作；组织公开选择州级采矿权价款评估机构工作，负责州级采矿权价款评估报告和州级矿产资源开发利用方案备案工作；配合做好采矿权价款、矿产资源补偿费和矿权使用费的征收，配合做好矿山安全生产监督管理工作。
（八）矿产资源储量科。
执行矿产资源勘查区块登记管理制度，依法对探矿权新立、延续、变更、转让、保留、注销等行政许可项目开展调查和初审工作。依法审查、申报探矿权招标、拍卖、挂牌出让项目；监督矿产资源勘查项目的实施，保护探矿权人合法权益，依法维护矿产资源勘查秩序；负责全州矿产资源储量管理和评审、认定和矿山储量动态监管工作，指导矿山开展矿产资源储量核实、登记、统计工作，建立和完善矿产资源储量管理数据库；开展建设项目压覆矿产初审工作；管理地质矿产审查评估专家库，按规定和程序组织专家开展评审工作。
（九）资金监督管理科。
承担国土资源有偿使用的工作，参与管理土地、矿产等资源性资产和国家出资形成的矿业权权益的有关工作；承担国土资源专项收入征管工作；承担国家和省、州财政安排有关工作经费、专项资金、基金的管理工作和部门预决算、国库集中支付等机关财务工作；拟订有关财务、资产管理办法，监督管理机关及直属单位国有资产；监督检查和指导全州国土资源系统财务工作，规范各县市局财务管理制度，查处国土资源单位财务管理违规违纪问题。
（十）信息管理科。
负责全州国土资源系统信息化建设工作的组织、管理和指导。负责土地、矿产资源、地质灾害、执法监察等国土资源相关基础数据的采集、汇总、更新、管理和利用；负责第二次土地调查成果数据的管理、更新和利用；负责土地、矿产资源、地质灾害、执法监察、电子政务、办公自动化、网上审批等信息化系统的建设、管理和技术指导；指导各县市开展土地、矿权网上电子报件工作，承担政务信息公开、新闻发布工作；承办各县市国土资源信息管理系统方案审查、成果验收以及技术指导；利用信息技术手段配合查处土地、矿产等违法行为；对各县市国土资源信息管理系统的规范运行进行监督管理；配合人事科开展全州国土资源系统信息化队伍的建设工作。
（十一）信访科。
研究分析全州国土资源系统信访工作情况；负责接待、处理群众来信来访工作；督查督办重大信访案件；协调处理群体性突发事件；指导检查全州国土资源系统信访工作。
（十二）行政审批服务科。
负责受理和办理州人民政府公布的涉及本部门的行政审批事项和公共服务事项。按照本部门的授权对州级行政审批事项进行审批（核准、备案）；对需要上级审批的行政审批事项进行审核、转报；对需要进行专家论证、部门会审等行政审批事项进行组织、协调；对本部门在政务服务中心的窗口和工作人员进行管理，完成本部门和政务服务中心交办的相关工作。
（十三）人事科（离退休人员工作科）。
承办局机关及直属单位的机构编制、人事、工资管理；承办全州国土资源系统干部队伍建设、机关干部教育培训、公务员考录、专业技术人员职称评聘等工作；按照干部管理权限，承办各县市国土资源主管部门领导班子的配备、调整及其领导干部（含相同级别干部）的考察、考核、任免、培训、流动调配等工作；指导全州国土资源队伍建设；承办全州国土资源系统州管干部人事档案管理工作。负责机关离退休人员工作，指导直属单位及各县市国土资源部门离退休人员工作。
机关党总支 负责局机关和直属单位的党群工作。
