根据上述职责，凉山彝族自治州水务局设11个内设机构：
（一）办公室。
负责对各科（室）工作进行综合协调。组织协调局机关日常工作和目标管理工作；承办文秘档案、政务信息、保密保卫、信访维稳工作；协调指导全州水利行业劳动生产安全；组织办理人大、政协有关建议批评、意见和提案；负责重大会议和重要接待工作；组织编写州水务志和行业大事记；负责局机关内部规章制度建设和机关后勤管理工作。
（二）水政水资源科（凉山州节约用水办公室）。
贯彻执行有关法律、法规。组织起草配套的实施办法及规范性文件，并监督实施；承担水务行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作；负责普法教育工作；承办全州水资源的统一规划、管理和保护工作；组织实施建设项目水资源论证、实施取水许可制度和水资源费征收制度，实施水功能区的划分和饮用水源保护区的划定和管理；监测江河、湖库的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；会同相关部门审查州管湖泊、河道排污口的设置和扩大；组织编制全州计划用水、节约用水和城镇供水的水源规划工作；组织编制州管江河和跨县（市）江河的水量分配计划，并监督实施；组织协调水资源费的项目上报编制工作；组织编制《凉山州水资源公报》。
（三）规划计划建设科。
负责组织编制全州水务行业可持续发展中长期规划、水利工程建设项目中长期规划。组织编制州管流域或区域综合规划，协调流域开发工作；组织开展水务行业州管涉水工程基本建设项目和重点水利工程项目前期工作；负责全州水务行业项目业主负责制、招投标制、监理制和工程质量责任追究制的监督检查；组织水务行业基本建设工程的验收和水务统计工作。
（四）水利科（凉山州农田水利基本建设指挥部办公室）。
研究提出全州农村水利的方针政策、发展规划；组织拟定有关的规范、标准和规划；指导全州农田水利基本建设、乡镇供水和农业节约用水工作；指导农田水利工程管理制度的改革；负责全州已成各类水利工程管理工作，负责病害工程整治和工程维修配套扩建以及工程综合利用；负责全州水利统计和水利安全生产工作。负责全州水库大坝安全鉴定、病害水库整治和水利工程水毁修复工作。负责全州水利工程防洪渡汛和抗旱服务体系建设工作。承担水利血防和水利风景区的管理工作。
（五）水土保持科（凉山州人民政府水土保持委员会办公室）
负责贯彻实施《中华人民共和国水土保持法》及其配套法规。研究提出全州水土保持的方针、政策和发展规划；负责全州水土流失重点防治规划，指导、审查、呈报各县市水土保持规划，协调全州水土流失综合防治及工程管理；负责水土保持新技术研究推广；负责全州水土保持预防监督执法组织管理；组织州级立项的开发建设项目水土保持方案的审核、验收，监督开发建设项目水土保持方案实施和收费制度的管理落实；组织指导全州水土流失动态监测工作。
（六）地方电力科。
负责全州地方电力的规划、开发工作，组织协调、指导监督农网改造工作。指导水利行业地方电站、电网管理；组织编制全州水电农村电气化和小水电代燃料规划并监督实施，指导水电农村电气化和小水电代燃料工程建设和管理工作；负责全州水电农村及电气化统计工作；指导农村水电行业技术进步，组织技术培训。负责电力行业安全生产工作。
（七）大型水利工程管理科。
负责全州大型水利工程的管理，对已建和在建的大型水利工程的建设程序、工程质量和安全生产实施监督。负责协调待建大型水利工程前期的各项工作；负责监测大型水利工程水域内水质、水量，并及时报送相关部门；承担编制大型水利工程的年度蓄供水计划，审定大型输水水利工程的年度用水计划，并监督实施；负责收取大型水利工程下游电站偿付费，并对使用偿付费建设的项目实施监督；参与大型水利工程水事纠纷的调解与处理；配合环保部门对大型水利工程保护与管理范围内的建设项目进行环境质量监督。
（八）行政审批服务科。
负责受理和办理州人民政府公布的涉及本部门的行政审批事项和公共服务事项。按照本部门的授权对州级行政审批事项进行审批（核准、备案）；对需要上级审批的行政审批事项进行审核、转报；对需要进行专家论证、部门会审等行政审批事项进行组织、协调；对本部门在政务服务中心的窗口和工作人员进行管理，完成本部门和政务中心交办的相关工作。
（九）财务经济科。
负责编制全州水务行业财务及项目资金的中长期规划和年度计划，并实施财务、会计和专项资金的综合管理；拟定水务行业的经济调节措施并组织实施；对水务行业专项经费进行监督管理，对水务行业财务管理进行指导；负责局直属单位的财务内部审计监督；负责全州水务系统国有资产的监督管理；提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见；负责组织原水价格的测算工作，负责局机关财务管理和会计核算。
（十）人事科（机关党委办公室）。
负责局机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资工作。承办局党组有关人事任免事项；会同有关部门组织水利行业人员的培训、职称评定、职业技能鉴定工作；负责水利体制改革的有关工作，指导水利行业队伍建设。承办有关知识产权有关事宜和全州水利行业涉外工作，组织水利行业对外经济合作与技术交流。
（十一）离退休人员工作科。
负责局机关离退休人员管理工作，指导直属单位离退休人员管理工作。
凉山州人民政府防汛抗旱指挥部办公室承担州防汛抗旱指挥部的日常工作。组织协调、监督指导全州防汛抗旱工作，按照州政府防汛抗旱指挥部的指示，对州境内江河湖泊和重要水利工程实施防洪抗旱调度。贯彻、监督、执行保护河道、水库、湖泊等水域、岸线、河堤的法律、法规、规章制度及技术标准；组织指导全州江河、湖泊、河口、滩涂的综合利用与开发；组织指导全州江河、湖泊和城市防洪工程的建设及安全管理；负责州管江河的三线划定和清障工作；负责江河沿岸和跨（穿）江河建设项目评估审查；河道管护范围内开采砂石的管理工作。
机关党委 负责机关及直属单位的党群工作。
