凤县水利局属县政府组成部门，管理9个直属事业单位（正科级事业单位4个，副科级事业单位4个，股级事业单位1个)。局机关设有4个股室。全局主要担负着全县水土保持及预防监督，水利水电工程建设与管理，城乡供水，防汛抗旱，水资源与河道管理、水政执法和水产养殖及水利风景区建设等业务工作。

局机关设置的4个股室分别为:局办公室、法规监督股、农田水土保持股、水利工程规划股。

1、局办公室：负责全局党务政务、公文管理、电子政务、会议筹备、上传下达、协调督查、人事编制、工资职称、考核奖惩、档案信访、“两案”办理、财务报帐、资产监管、后勤保障、综治安全和全局综合计划安排、工作总结、重要文件的起草等工作，组织开展爱国卫生活动和精神文明、水文化建设工作，完成领导交办的其它工作。

2、工程规划股：组织编制水利建设长远规划、年度实施计划，负责重点水利建设项目的申报、争取工作，审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计，牵头组织对重点水利建设项目进行勘测、设计、招标、报建、实施和验收，承担水利资产评估工作和招商引资工作，承办领导和办公室安排的其他工作。

3、农田水保股：组织编制小型农田水利建设和水土保持长远规划、年度计划，负责小型农田水利建设和水土保持项目的申报、争取工作，指导全县小型农田水利工程建设和全局各项业务工作开展、业务工作信息收集和城乡节约用水工作，参与小型农田水利工程、水土保持工程、防洪灌溉工程验收工作，承担水利普查、水利科技推广，技术培训和水利年报统计工作，抓好新农村建设工作。承办领导和办公室安排的其他工作。

4、法规监督股：牵头组织开展水利政策法规宣传，调查研究水利法规政策贯彻落实情况，起草审核水利方面的规范性文件，指导全局依法行政和水政监察工作，协调处置水事纠纷和水事、渔事案件，办理有关行政应诉和行政复议工作，承担水利风景区和水文化建设工作，完成领导和办公室安排的其他工作。

2010年12月，县机构编制委员会核定县水利局机关行政编制7名。其中：局长1名、副局长2名。

机关党的机构按党章规定设置。纪检、监察机构按有关规定设置。