典型分离柱（IonPac NSI）的填料是交联度为55%二乙烯基苯的乙基乙烯基苯（DVB - EVB）聚合物，无离子交换功能基，在pH=0-14稳定，允许流动相中含有酸碱和有机溶剂。由选择适当的离子对试剂，中性的EVB/DVB固定相可用于阴离子和阳离子的分离。

离子交换的选择性受流动相和固定相两种因素的影响，主要的影响因素是固定相；而离子对分离的选择性主要由流动相决定。流动相水溶液包含两个主要成分，离子对试剂和有机溶剂。改变离子对试剂和有机溶剂的类型及浓度可达到不同的分离要求。

离子对试剂是一种较大的离子型分子，所带的电荷与被测离子相反。它通常有两个区，一个是与固定相作用的疏水区，另一个是与被分析离子作用的亲水性电荷区。固定相是中性疏水的苯乙烯/ 二乙烯基苯树脂或键合的硅胶。这种固定相既可用于阴离子，也可用于阳离子的分析。

虽然离子对色谱的保留机理还未完全弄清楚，目前提出的三种主要的理论是：

①离子对形成；

②动态离子交换；

③离子相互作用。