机械铲除：刺苍耳在植株生长初期，生长速度较为缓慢，还未形成刺，在此时将其铲除最为安全和有效，防除过的地方一定要进行多年追踪调查和铲除。
化学防除：截止到2014年尚未见刺苍耳的专用除草剂的学术报道，作为其同属植物意大利苍耳的化学防除剂或许值得参考，即采用72%2,4-D丁酯乳油50毫升/666.7平方米、20%使它隆乳油60毫升/666.7平方米和25%灭草松水剂400毫升/666.7平方米。
植物替代：当生长蔓延比较严重，铲除植株不能解决问题时，可同时采用植物替代方法。通过其他植物与之竞争环境资源，将大大削弱其生长势，减轻其危害。
