根据上述职责，市水务局设5个内设机构：

（一）办公室

协助局领导处理机关政务；负责党务工作；负责局机关公文处理、宣传报道、印信管理、文字综合、档案管理、车辆管理等工作；负责保密、信访、社会治安综合治理、计划生育工作；负责人事、劳动工资、职称和水利科技管理工作；负责离退休人员服务管理工作；负责水利科技管理工作；负责纪检和行政监察工作。

（二）计划财务股

负责编制与审核中长期发展计划和年度计划；负责水利资金的筹措和管理工作；指导全市水利专项资金使用管理，负责行业内部财务审批；负责机关财务管理工作；负责基本建设项目前期工作的组织实施及计划编制报批的具体工作；负责水利建设与投入情况的统计分析；协调供水企业主要经济指标的制定和对完成情况进行统计分析；负责水利资金和固定资产的监督管理；指导和协调全市水利综合经营工作。

（三）农田水利股

负责编制年度农田水利工程项目计划；负责农田水利工程和人畜饮水、防病改水、乡镇供水工程的建设与管理工作；负责重点田管理、乡镇水利服务体系建设与管理等工作。

（四）建设管理股

组织拟定监督实施水利基本建设项目管理的规章制度；指导水利基本建设工程项目的建设和验收工作；组织指导水利工程安全鉴定；管理水利基本建设项目报建、招投标和建设监理；负责水利工程的造价管理和指导水利行业的质量管理工作；指导拟定并审核水利基本建设工程项目的工程设计、施工、监理等单位的资质标准及其执业人员的资格标准；管理水利建设市场和工程建设项目的执法监督；负责水利勘察、设计、施工等规程、规范、技术标准的实施和监督工作，指导水利行业设计、施工监理队伍建设；负责国有水利管理单位的行业管理；负责小水电工程的建设与管理工作；负责水库除险加固工程的建设。

（五）水政股

宣传、贯彻《中华人民共和国水法》及其他有关法律、法规和规章；负责水行政有关政策的调查研究工作，起草水行政规范性文件；负责水行政执法的检查和监督，查处水事案件、调解处理水事纠纷；办理行政审批审核、行政复议、行政诉讼、行政赔偿案件的具体工作；负责水政监察队伍的管理及培训工作；负责市政府农田基本建设“大禹杯”竞赛办公室日常工作。