一 办公室。负责机关日常运转工作，承担提案议案、信息、安全、保密、信访、政务公开、舆情应对、档案、信息化等工作；负责机关精神文明、计划生育、综合治理等工作；督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况；组织协调和推进落实水利行业重要事项的督办工作；协调水利突发公共事件的应急工作。

二 人事科。负责水利系统业务培训工作；承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作，指导水利行业人才队伍建设；承担水利体制改革的有关工作；负责机关离退休干部工作；负责局机关和直属单位干部人事档案管理工作。

三 规划计划与财审科。拟订水利规划及年度计划；组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划；负责提出全州水利基本建设中央和自治区、自治州投资计划建议；对重要水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计进行审核和报批；组织指导有关防洪论证工作；指导水工程建设项目合规性审查工作；组织实施水工程建设规划同意书制度；提出自治州级水利建设资金、水利前期费规模、方向以及年度安排建议计划；承担水利统计工作；编制部门预算并组织实施，承担财务管理和资产管理工作；组织提出中央水利财政资金安排建议，统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价；提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议；组织编制自治州级水利部门预决算，承担机关并指导所属单位财务、国有资产监管和内部审计工作。

四 水政水资源科（河湖管理科）。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作；拟订水量分配方案，承担跨区域、跨流域水资源供需形势分析、指导水资源调度工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作；组织开展水资源调查、评价有关工作，组织编制并发布水资源公报；参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作；按规定指导城市水务有关工作。

组织编制并协调实施节水型社会建设实施方案，拟订节约用水政策、措施，组织指导计划用水、节约用水工作；组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度；指导和推动节水型社会建设工作；组织实施节水型社会建设达标考核工作；参与指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。宣传水利法律法规、部门规章和水利政策，监督检查水利法律法规、部门规章实施情况；研究拟订水利规范性文件并监督实施，对水利规范性文件开展解读、后评估及清理工作；承担州水利局文件合法性、合规性审查；组织实施部门依法行政工作，指导水利行政许可工作并监督检查，负责州水利局“放管服”改革工作；承办州水利局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；组织指导水政监察和水行政执法，协调跨行政区水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件；组织水资源费、水土保持设施补偿费和水土流失防治费的征收及监督使用。

指导水域及其岸线的管理和保护，指导重要河流湖泊、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作，指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理等工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。承担自治州全面推进河（湖）长制领导小组办公室日常工作，承担艾比湖、赛里木湖湖长制办公室日常工作。

五 水利建设与管理科。指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施；指导具有控制性或跨区域跨流域重大水利工程的建设；指导水利工程的蓄水安全鉴定、验收、后评价等，指导重要河流堤防、病险水库、水闸的除险加固；负责水利行业工程质量、造价、监理、招投标等管理工作；指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设；指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、渠首、水电站、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。

指导已建水利工程的养护维修、正常运行等管理工作；制定或审核水库岁修计划，审批岁修工程设计，检查、督促、指导工程施工和验收；组织指导水利工程前期工作，指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理等工作。组织开展大中型灌排工程建设与改造。指导农村饮水安全工程建设与管理，指导节水灌溉有关工作；承担协调牧区水利工作。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，指导水土保持重点工程的建设工作，组织水土流失的监测、预报；审核开发建设项目水土保持方案并监督实施及水土保持设施的验收工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作；指导农村水利社会化服务体系建设。

组织实施水利工程质量和安全监督；指导水利行业安全生产工作，指导水库、渠首、水电站大坝及农村水电站的安全监管；组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要河流湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施；承担水情旱情预警工作；承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作；组织参与重大水利安全事故的调查处理；指导水利重大安全事故的应急处理。

机关党委。负责机关和直属单位的党群、纪检监察工作。