根据上述职责，印江土家族苗族自治县林业局设4个内设机构：

（一）印江土家族苗族自治县林业局办公室

综合协调和处理机关政务工作;负责机关文秘（文电）、信访、督办、信息、档案、保密、接待、会务、后勤等工作;组织林业宣传报道；指导全县林业信息化工作；负责机关及直属单位的机构编制、劳动工资、干部人事工作；指导林业行业科技人员的管理，制订林业人才培训和教育发展规划并组织实施；承办指导林业队伍建设的有关工作。

（二）印江土家族苗族自治县林业局林业产业规划和资金管理股

制订林业发展和天然林保护工程、退耕还林等生态建设的规划、计划并监督实施；负责指导检查全县林业财务工作；负责机关财务工作；管理林业财务、统计和林业专项贷款工作，负责国家林业资金和本县林业资金的筹集、使用和管理；配合有关部门制定林业经济调节政策和措施；管理国有林场资产及局机关和直属单位的国有资产；按权限审批林业基本建设和技改项目的资金使用。

（三）印江土家族苗族自治县林业局政策法规股

拟订林业法制建设规划及工作计划，林业执法监督和林业行政应复应诉、听证，国家赔偿案件的理赔和错案追究，林业行政许可、林业法律咨询和普法教育，承办依法由自治县人民政府处理的林权争议案件，指导、监督全县林权纠纷调处和林地承包合同仲裁等工作。

（四）印江土家族苗族自治县林业局行政审批股

负责本部门行政许可及其他行政审批事项的受理、审批和办复工作；负责牵头组织行政许可及行政审批事项的勘验、论证、检验、检测、认证、审核、上报、审批等相关工作；负责行政审批决定送达和行政许可证件的发放管理工作；负责有关行政审批事项行政应诉工作；负责制定和完善本部门行政许可和行政审批项目的工作程序、工作制度以及行政审批专用章的使用和管理。主要行政审批事项有：《林木采伐许可证》核发；《木材（林产品）运输证》核发；《木材经营加工许可证》核发；征占用林地审核；《陆生野生动物驯养繁殖许可证》审核；《陆生野生动物及产品运输证》审核；《林权证》核发；《森林植物检疫证书》核发；《林木种子（苗）生产许可证》核发；《林木种子（苗）经营许可证》核发等。