市水利局共设置5个职能科室：

(一)办公室：

主要负责组织协调机关日常工作；拟订工作制度、工作计划并监督实施；负责文秘、政务公开、会务、机要、保密、应急管理、督查督办和后勤服务保障等工作。

(二)政工科：

主要负责局机关及所属单位党群工作、思想政治建设、精神文明建设和干部队伍建设；负责机构编制、人事管理等工作；负责离退休人员的管理服务工作。

(三)财务审计科：

主要负责财务管理和内部审计工作；提出水利专项资金的预算、使用和安排意见，监督管理水利专项资金的使用；提出有关水利价格、收费、信贷的政策建议；负责全市水利综合统计分析工作。

(四)水政法规科(挂水政监察大队牌子)：

主要负责拟订全市水利工作的规范性文件，并监督实施；组织指导水政监察和水行政执法工作，查处水违法事件，协调处理水事纠纷；承担行政复议、行政应诉、行政赔偿等相关工作；监督指导行政许可和非行政许可事项的办理；负责河道工程维护管理费征收工作；负责水利法制宣传教育工作。

(五)工程建设管理科(挂水利安全监督管理科牌子)：

主要负责编制流域综合规划和专项规划，并协调实施；组织建设和管理具有控制性或跨区域(镇)的重点水利工程；负责全市水工程安全运行和实施水利工程质量安全的监督管理；组织实施水利工程建设的技术规程、规范等有关制度；监督管理水利建设市场；指导水利行业安全生产工作；负责水利工程招标投标管理工作。