根据上述职责，双柏县水务局机关设12个内设机构。

办公室

负责文电、会务、机要、保密、档案、信息、信访、政务公开、督查督办、资产管理、后勤服务、综合统计和制度建设工作；组织办理人大代表建议和政协委员提案。

规划计划股

拟订水务战略规划、综合规划、专业规划、专项规划和年度计划；负责水工程建设项目合规性审查；负责水务基本建设项目建议书、可行性研究报告、初步设计报告的审查报批工作；负责下达水务投资计划，提出信贷资金意见。

人事财务股

负责机关和所属事业单位的人事管理工作；负责水务行业干部队伍建设；会同有关部门组织实施专业技术人员技术资格考试和专业技术职称评审推荐工作；负责财务管理工作；组织编制部门预(决)算；负责县级水务资金的监督管理和绩效考评工作，提出县级水务资金安排意见，综合下达水务资金；负责水务工程项目资金拨付和基建财务管理，审核工程竣工财务决算；负责水务国有资产管理工作。

政策法规股

（水务执法大队）

负责水务规范性文件和行政许可事项审核工作；负责依法行政工作，承担行政应诉、行政复议和国家行政赔偿工作；负责水务执法工作，对违反水务违法行为实施行政裁决、行政处罚或采取其他行政处置措施；协调跨乡镇水事纠纷和行政区域内重大水事纠纷；负责水务法制宣传教育工作；组织水务行政执法人员培训。

水资源股

（双柏县节约用水办公室）

负责水资源管理、配置、节约和保护工作；组织实施水资源调查、评价、监测、水资源论证、取水许可、水资源有偿使用等工作；组织编制水资源保护规划，负责水资源保护、水量分配、水功能区划分和水资源调度；负责水资源公报和水资源信息发布；组织编制节约用水规划，负责计划用水和节约用水工作，实施区域与行业用水定额，推进节水型社会建设；组织审定河流水库纳污能力，提出限制排污总量的意见。

建设管理股

负责水工程建设管理。负责水工程开工审批、蓄水安全鉴定和检查验收工作；负责病险水库除险加固工程建设；负责项目法人组建、工程招标投标、建设监理、设计变更、工程造价和水务建设市场的监督管理；负责水务科学技术和先进工艺技术的推广应用。

农村水利股

负责农田水利基本设施建设；负责农业综合开发水利工程建设和管理；组织实施水电农村电气化和小水电代燃料、农村饮水安全、节水灌溉、节水改造、灌区续建配套、泵站建设与改造、小型干支渠工程建设工作；组织开展农村水能资源调查和整理开发；指导农村水利社会化服务体系建设和农村水利技术推广应用工作。

安全与质量监督股

负责水务行业安全生产和水工程质量安全监督管理工作。负责水工程注册登记、安全鉴定、水库降等、报废的审查报批工作；负责在建水库、水电站大坝、水工程管网等水工程质量、技术规程、规范、执行标准和水利工程项目安全设施“三同时”制度实施情况进行监督管理；组织水利工程项目安全评价；负责对水务生产经营单位主要负责人和安全管理人员进行安全资格考核；负责水工程质量和安全事故的调查处理工作。

水工程监管股

负责对已建水库、水电站大坝、水工程管网等水工程的运行进行监督管理；负责水务工程设施、水域及岸线的管理保护；负责水利风景区的规划建设和管理保护；拟定水工程和农村水利管理体制，组织实施水工程供水价格改革工作；负责水务科技工作，管理应用水务科技项目和成果，开展对外技术合作与交流。

防汛抗旱股

（双柏县人民政府防汛抗旱指挥部办公室）

拟订防汛抗旱应急预案、编制河道防洪和治理规划并组织实施；负责河道管理范围内建设项目方案和有关活动的审查、审批，监督管理河道采砂工作；指挥协调水旱灾害及其他自然灾害中涉水工程设施抢险和抗灾救灾工作；拟定水库、河流年度调度方案；负责水旱灾害统计和防汛抗旱信息化建设。

水土保持股

（双柏县水土保持委员会办公室）

负责水土流失综合防治和监督管理；拟订水土保持规划、计划；组织实施水土保持建设项目；负责对开发建设项目水土保持方案审查、审批，并监督实施；组织编制和发布水土流失及防治信息；推广和应用水土保持新技术。

供水排水股

拟订城镇供水、节水、排水、污水处理发展规划、计划并组织实施；负责城镇供水排水的行业监督管理；负责河道排污口设置、改建、扩建和供水企业资质的审核工作；负责城镇供水、节水、排水、污水处理的建设和管理；指导城镇供水、污水处理价格核算的组织与论证。