根据上述职责，古蔺县水务局设5个内设机构：

（一）党政办公室

协助局领导对各股室工作综合协调和目标管理工作；承办机关文秘档案、政务信息、保密保卫、综治、消防、宣传和信访工作；组织办理人大代表议案、批评、建议和政协委员提案、建议案工作；负责全局性会议和接待工作；负责制定局机关内部规章制度；负责机关和基层单位的人事管理、机构编制、劳动工资、职工教育培训、专业职务评聘、工人技术岗位考核；负责机关支部党建工作；负责机关安全生产、离退休干部管理和计划生育工作；负责机关工、青、妇日常工作；负责系统精神文明建设和后勤服务、保卫工作。

（二）规划计划管理股

负责组织拟订全县水务中长期规划，组织编制水务综合规划、专业规划和专项规划；负责水工程建设项目合规性审查；负责对水务建设工程项目招标投标活动的监督执法；指导水务建设市场的监督管理；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划；审核重要水功能区的水域纳污能力，提出限制排污总量的建议，负责入河（湖库）排污口的设置、改建和扩建的审查和监督管理工作；拟订水量分配、水功能区划和水资源调度方案并监督实施；承担水务综合统计工作。

（三）水政渔政水资源管理股（行政审批服务股）

负责监督实施水行政、渔业行政法律、法规和政策；指导全县水行政、渔业行政许可（审批）工作并监督检查，承担县政府公布的全局有关行政审批事项；负责组织水务行政、渔业行政许可（审批）项目的评审汇总、上报、信息发布和综合统计工作；负责本单位与县政务服务中心工作衔接和协调；参与相关项目联审工作。

（四）水利电力管理股（古蔺县人民政府防汛抗旱指挥部办公室、古蔺县农田水利基本建设指挥部办公室）

贯彻、执行水利、电力、水保、防洪等有关法律、法规、方针、政策、发展规划；对相关法律、法规的执行情况实施监督；负责全县农村水利工作和农田水利基本建设工作；指导农村水务社会化服务体系建设；组织、指导城乡集中供水、农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作；组织、指导已建成水务工程的运行管理和除险加固工作；指导水库大坝、河堤安全监管；承担水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测工作；审核开发建设项目水土保持方案并监督实施；组织实施职责范围内的地方电力管理工作。按规定指导农村水能资源开发工作，指导水务行业地方电站、电网管理，实施技术监督；组织实施水电农村电气化和小水电代燃料工作。

（五）财务管理股

负责全县水利行业的财务会计管理和监督工作；负责全县水利投资计划和资金的衔接；编制财务计划；负责全县各项水利专项经费的综合管理；负责局机关财务和局直属单位的财务管理及社会保险工作；负责水务行业国有资产的监督管理，确保增值保值；负责财务统计工作。