三千年前，美洲的玛雅人就开始培植可可树，称其为cacau。将可可豆烘干碾碎，加水和辣椒，混合成一种苦味的饮料。这种饮料中的可可碱和微量咖啡因可产生兴奋作用。该饮料后来流传到南美洲和墨西哥的阿兹特克帝国，阿兹特克人称之为xocoatl，意思为“苦水”，他们为皇室专门制作热的饮料，叫Chocolatl，意思是“热饮”，是“巧克力”这个词的来源。

16世纪时，哥伦布和西班牙人都发现并描述了这种植物和饮料，但他们对其不感兴趣。1544年一个来自多米尼加的玛雅贵族代表团拜访了西班牙的腓力王子，他们随身携带自己喝的可可饮料，是加了香草等香料的起泡沫的饮料，引起西班牙人的兴趣，他们也开始喝这种饮料，并加入糖和其他配料。

1585年第一艘从墨西哥运载可可豆的船到达西班牙，意味着在欧洲已经出现了对可可的消费需要。饮用可可的习惯后来逐渐从西班牙向欧洲其他国家流行。1657年，一位法国人在伦敦开了第一家出卖巧克力的商店，但店的名称叫“咖啡烟草商店”，到1674年才发明了制造固体巧克力的方法。

18世纪后，巧克力的价格始降，巧克力渐渐普及。1753年，生物学家林奈正式为可可树命名，因不喜欢“可可”这个词，把它命名为Theobroma cacao， theobroma 是希腊语，意即“神的食物”。