呼和浩特市国土资源局共设立行政科室13个，即：
办公室
人事教育科
财务科
信访科
地籍科
土地利用科
耕地保护科
执法监察科
政策法规科
科技规划科
矿产开发科
地质勘查科
地质环境科
内部机构3个，即：
监察室
机关党办
机关工会
局属分局6个，即：
呼和浩特市国土资源局新城分局
呼和浩特市国土资源局回民分局
呼和浩特市国土资源局玉泉分局
呼和浩特市国土资源局赛罕分局
呼和浩特市国土资源局如意经济技术开发区分局
呼和浩特市国土资源局金桥经济技术开发区分局
局属事业单位7个，即：
呼市国土资源执法监察支队
呼和浩特市国土资源征费大队
呼和浩特市土地整理中心
呼和浩特市土地登记中心
呼和浩特市国土资源信息中心
呼和浩特市国土资源纠纷调处中心
呼和浩特市国土资源局评估交易管理中心
