商业结算资金审计是对商业企业往来资金结算的审核、稽查。商业结算资金是指在货款和往来资金结算过程中占压的资金。主要包括委托银行收款和其他应收款。此种审计的目的在于： 检查商业企业资金占压的真实性和数额的正确性。
其审计的方法主要有：(1) 检查占压资金发生和收回的控制制度，亦即占压资金的产生有没有适当的审批制度，对应收款有没有催收的责任制度。(2) 抽查结算凭证，查验凭证上金额的计算、过帐及帐簿金额计算的正确性。(3) 对有疑问、拖欠多时未收回的帐款，可采取发询证函的方式，以便确认其真实性。 (4) 对应收款，尤其是个人应收款项的具体内容进行审核，了解有无非法情况发生。(5) 检查长期不还的欠款数额、内容及原因。
