市环境保护局设4个内设机构：

（一）办公室

拟订局机关各项工作制度，并监督执行；协助局领导处理党务、政务工作和机关日常工作，综合协调局机关各科室、直属事业单位工作，对工作进行督办；负责全市环境保护工作会议及局重要会议的筹备组织等工作，并督促检查会议决定的落实情况；负责全市环保综合性会议文件及其他重要文件、报告、讲话的起草工作，协助局领导审核或组织起草以市局、局办公室名义下发的文电、文件；并负责局机关文、电和印章的运行和管理；负责市环保局文电收发、机要、保密、政务信息、档案管理、办公自动化和政务公开等工作；负责全局信访工作，组织办理市人大代表建议、议案和政协委员提案；负责重大公益活动的组织与协调；负责局系统干部、人事、财务、劳资、机构编制、职称评聘、固定资产、退休职工、办公用品管理和保卫、安全、消防、卫生、计生、福利、车辆及接待等工作；负责局机关财务管理、国有资产行政管理、车辆管理、物质设备管理和后勤服务的指导与监督管理。局机关办公设备配备以及各种公物采购；负责局系统目标责任书的分解落实；负责全市环境污染纠纷、重大环境污染和生态破坏事故的情况通报及应急联络工作；负责市环境保护委员会的日常工作。

（二）法规宣教科

宣传贯彻党和国家在环境保护工作方面的路线、方针、政策和法律、法规；拟订全市环境保护综合性方针政策和环境保护发展战略；组织起草地方性环境保护规章和规范性文件，参与审核全市环境保护管理政策、经济政策、技术政策和产业政策的工作；组织编制环境保护中长期规划、并参与编制审核全市中长期规划中的环境保护内容；参与指导和推动全市循环经济、清洁生产、环保产业等方面工作；负责政府环保目标责任书的落实工作；负责行政处罚的审查、督办工作，组织实施环境保护行政复议、行政诉讼、行政稽查、行政许可工作；组织协调环境保护执法检查，参与重大污染事故、生态破坏事件的调查；拟定全市环境保护宣传教育计划，组织开展全市环境保护宣传教育活动和新闻报道工作；组织开展绿色学校、绿色社区等绿色创建活动及环境教育基地管理；参与审定市环保局的新闻发布工作，负责全市《中国环境报》等专业报刊的征订工作；负责全市环境保护业务培训工作；负责推行环境管理体系、环境标志产品认证、清洁生产审核工作；指导环保产业发展工作，开展环境保护合作交流。

（三）污染防治科

组织并监督实施国家和甘肃省关于大气、水体、固体废物、噪声、有毒化学品、电磁波辐射、放射性物质和机动车污染防治以及城市环境综合整治等方面的政策、法规、标准；组织实施排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理和达标排放；负责环境统计，组织编制并发布环境统计年报和报告；组织编制并发布环境状况公报；负责危险固体废物（含医疗废物）及废弃危险化学品污染防治和监督管理，指导企业及相关部门开展危废、危化污染防治工作；组织全市有毒化学品环境管理登记工作，控制有害废物的越境转移，监督管理危险固体废物及废弃危险化学品的安全处置；对可用作原料的废物进出口许可工作进行监督管理；管理环境保护专项资金使用及项目审核工作；组织协调和监督实施污染防治工作，开展创建国家环境保护模范城市工作；组织编制总量控制计划，实施主要污染物总量减排责任考核工作；组织编制环境科技发展计划、规划，组织协调环境科学研究与技术引进，组织环境保护科技攻关和技术示范工程，管理和开发环境保护科技成果；组织开展水、大气、噪声等专项环境功能区划；指导城市环境综合整治，开展城市环境综合整治定量考核工作；负责企业上市和上市企业再融资环境保护核查工作；负责污染源普查工作，组织开展全市污染源普查和普查动态数据调查工作。

（四）环境影响评价科 （挂生态与农村环保科）

贯彻执行《中华人民共和国环境影响评价法》、《规划环境影响评价条例》、《建设项目环境保护管理办法》等法律法规；配合国家、省环保厅对环境影响评价持证单位以及环境管理咨询中介机构进行管理；负责全市新、改、扩建项目环境影响评价文件的审批，负责省级审批项目的环保预审；负责市管项目和省管项目环保“三同时”管理、竣工验收工作；承担经济和技术政策、发展规划和重大经济开发计划的环境影响评价工作；负责对规划环境影响评价文件进行审查；组织开展对违反环境影响评价案件的调查处理工作；参与对各部门贯彻执行国家和省市环境保护法律、法规的执法检查；负责市级环评专家库的建立和管理；贯彻执行国家和甘肃省关于自然生态保护法规和规章，负责饮用水源保护区和自然保护区的监督管理工作；拟订全市生态保护规划，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动。指导、协调、监督全市自然保护区、风景名胜区、生态旅游园区的环境保护工作；负责农村生态环境保护工作，指导全市生态示范村、环境优美乡镇和生态农业建设，指导农村环境综合整治工作，监督自然资源开发活动中的环境保护工作。