公司作为全国农业信贷担保体系的国家层面政策性担保机构，不以盈利为目的，在坚持自身信用和可持续发展基础上，实行政策性主导、专业化管理、市场化运作。旨在统一担保业务标准、强化系统风险控制、规范农业信贷担保体系建设，更好发挥担保的经济助推器功能和财政资金的“四两拨千斤”作用，将更多金融活水引入农业农村发展领域，推动粮食结构调整和农业适度规模经营，促进农业发展方式转变。
公司股东包括财政部和全国省级农业信贷担保机构，拟分三年形成约150亿元的资本金规模。省级机构股东根据其组建进展情况，分期分批加入。截至目前，全国已有13家省级机构完成工商注册，其余的省级机构预计完成机构组建工作。公司初始注册资本金40多亿元，其中，中央财政30亿元，其余由黑龙江、河南、安徽、四川等11家首批参股的省级机构出资。
