GIS联盟设立联盟成员代表大会、常务理事会、理事会、专家咨询委员会和秘书处以规范联盟的运作。其中，联盟成员代表大会是GIS联盟的最高权利机构；理事会是GIS联盟的重大事项决策机构；常务理事会是GIS联盟的常务事件决策机构；专家咨询委员会是GIS
联盟的咨询机构；秘书处是GIS联盟的常设执行机构。GIS联盟组织机构如图4所示。
GIS联盟处成立了行政部、监督管理部、宣传策划部、成果推广部、经费管理部、对外交流部等工作部门；同时，GIS联盟制订了多项基本管理制度，以规范联盟运作；通过召开GIS联盟会议、组织技术交流活动、建设网站、发布GIS联盟信息简报等形式建立GIS联盟沟通交流平台。
