1、党委办公室：负责全局党务日常工作。承担落实全面从严治党日常工作。负责纪检工作。负责工会、共青团、妇联、老干部工作。负责宣传和精神文明建设工作。负责统战工作。负责公务员管理和所属单位人事管理工作，负责机构编制、岗位管理、工资福利、职称、晋升、考核、教育培训、退役军人、人事档案等工作，指导水利行业人才队伍建设。

2、办公室：负责机关政务日常工作。承担信息、国家安全、保密、信访、人民武装、档案、政务公开和政务服务、建议提案、会务等工作。负责水务政务平台管理工作。负责水利及城市供排水行业安全生产监督，应急、内保、反恐、维稳、消防安全等工作。负责重点工程、工作的监督工作。承担水务统计工作。

3、规划与建设管理科（水利工程建设质量与安全监督科）：组织编制区水务发展规划，负责基本建设项目前期工作。组织编制年度水务建设投资计划并组织实施。开展水务建设、管理、改革和发展研究，提出指导性措施和建议。负责水务科技和信息化管理工作。负责监督水利工程建设与运行管理。指导水利设施、水域及其岸线的管理、开发与综合利用。

4、财务审计科：编制预算并组织实施，承担财务管理和资产管理工作，对水务国有资产和专项资金实施监督管理；组织提出水务财政资金安排建议和本区水务行业有关价格、税费、基金、信贷的建议。负责内部审计工作，承担内部审计领导小组日常工作。负责审核报销、社会保险、公积金、工资发放工作。指导本系统的招商引资工作。

5、水资源管理科（区节约用水办公室）：负责水资源合理开发利用、节约用水、城乡供水工作。指导再生水利用工作。承担区节约用水办公室日常工作。负责饮用水水源保护有关工作。

6、河湖保护科：指导水资源保护、水生态修复工作。承担我区实施河长制、湖长制的组织、协调、推动工作。组织制定区级河长制、湖长制各项管理制度，监督各项任务落实，组织开展对街镇园区河长、湖长的考核，指导各街镇、园区全面推进河长制、湖长制工作。负责普法工作。拟订本区水务方面规范性文件。组织推进依法行政工作。负责有关行政应诉、执法监督相关工作。负责水库移民管理工作。

7、水旱灾害防御科：负责落实防灾减灾相关要求，承担防汛、抗旱、防潮、城乡排涝、水资源调度等工作。负责水土保持工作。负责水文工作。指导农村水利工作。

8、排水监督科：负责指导全区城镇排水（含污水处理和再生水）及污水处理行业管理工作，负责排水、污水工程运行监督。