办公室
规划计划处
政策法规处（水政监察总队）
财务处（审计处）
人事处（离退休职工管理处）
水资源管理处
水资源节约与保护处
建设与运行管理处
河湖管理处
水土保持处（农村水利水电处）
监督处
水旱灾害防御处
国际合作与科技处
直属机关党委、太湖工会（中国农林水利工会太湖委员会）（与直属机关党委合署办公）
纪检组
1.太湖流域管理局水文局（信息中心）（副局级）
2.太湖流域管理局水利发展研究中心（正处级）
3.太湖流域管理局综合事业发展中心（正处级）
4.太湖流域管理局苏州管理局（正处级）
5.太湖流域管理局苏州培训中心（正处级）
6.太湖流域管理局太湖流域水土保持监测中心站（正处级）
