根据上述职责，宁南县交通运输局设4个内设机构：

办公室。

负责机关日常政务的综合协调工作；负责机关文秘、信息、档案、机要、保密、安全、信访等工作；负责机关人事、机构编制、党风廉政建设、社会治安综合治理、维稳、精神文明、计划生育、爱国卫生等工作；牵头办理人大、政协议案、提案；负责机关涉外工作和会务、财务、基建、车辆管理等后勤服务工作。

工程管理股。

负责拟订全县公路交通网规划及路桥测设、招标、质监、造价和合同管理工作；负责组织实施全县农村公路建设；负责组织协调相关部门对全县道路的养护管理；负责公路工程及公路桥梁的安全管理；负责工程资料的上报、保管等工作。

交通法制股（行政审批服务股）。

承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和督促指导；负责交通运输行政执法监督、行政复议和规范性文件审核备案工作；管理交通运输执法证件；负责行业精神文明建设；负责受理和办理州、县人民政府公布的涉及本部门的行政审批事项和公共服务事项。

运输安全股。

参与拟订综合运输发展战略，组织拟订全县公路、水路运输行业发展规划并监督实施；负责公路、水路运输市场监督管理；组织协调重点运输、紧急客货运输；组织拟订公路、水路安全生产、应急管理的相关制度并监督实施；负责交通运输系统应急处置体系建设；依法组织或参与有关事故调查处理工作。

宁南县交通战备办公室。主要职责：拟订本县有关国防交通工作的规定；规划本县国防交通网路布局，对本县交通建设提出有关国防要求的建议；拟订本县国防交通保障计划；负责本县的国防运力动员和运力征用；参与制定和实施本县的国防交通物资储备计划，调用国防交通物资；监督本县国防交通工作，协调处理有关问题；承担上级国防交通主管机构和县人民政府交办的其他事项。核定主任1名（正科级）、副主任1名（副科级）。