根据上述职责，区农林局设9个职能科室：
（一）办公室（挂综合调研科牌子）
综合协调局机关日常政务；负责文秘、会务、机要、档案、信息、保密、保卫、信访、政务公开、宣传、后勤保障等工作；组织办理人大代表建议（议案）和政协提案；负责机关内部规章制度建设；负责局机关并指导直属单位机构编制、组织人事、党群、教育培训、劳动工资、队伍建设、纪检监察和离退休人员服务管理等工作；承办局机关和直属单位局管干部的考核、任免、调配、奖惩等工作；组织开展“三农”重点、难点、热点问题的调查研究，负责区委区政府有关涉农重要政策文件和综合性材料的起草工作；拟订全年调研计划，检查督促调研进展，组织调研课题评选。
（二）经营管理科
负责稳定和完善农村基本经营制度、政策，调节农村经济利益关系；指导农村土地承包管理、耕地承包经营权流转和适度规模经营及承包纠纷调解仲裁管理；指导农村集体资产和财务管理、农村集体经济审计、经济收益分配统计等工作；指导村经济合作社管理和村经济合作社股份制改革深化工作；指导农业协会、农业经营主体培育和建设；参与农村廉政文化建设；负责农民负担监督管理工作。
（三）产业信息指导科（挂农产品质量安全办公室牌子）
研究提出农业转型升级发展战略和农村经济改革对策建议；参与提出农村经济协调发展、农业产业化经营、都市型农业发展、农业对外交流与合作和农民致富增收的政策建议；研究分析农业农村经济形势，指导休闲农业、农家乐休闲旅游发展；负责全区农业产业发展的综合协调，制定全区农业产业化经营的有关政策；负责现代农业园区建设，指导农业产业结构的调整优化、农业产业化发展和粮食功能区建设；指导设施农业和农机化示范基地建设；指导农业资源、农村能源的综合利用；参与农业区划、基本农田保护、标准农田建设和中低产田改造工作；协调指导政策性农业保险工作，指导农业防灾减灾工作；负责推进全区农业农村信息网络服务体系建设；负责农产品质量安全管理的综合协调，指导农产品质量安全监管体系和农产品质量检验检测体系建设；组织农产品质量安全监测和农产品质量安全风险评估；牵头组织农产品质量安全重大事故的调查及突发事件的应对工作。
（四）科教法规科（挂行政审批科牌子）
负责拟订农业科技、教育、技术推广的中长期规划和年度计划，实施科教兴农战略；负责农业科技成果、先进技术的推广和应用，负责农业科技成果的评定工作；负责农业标准化工作；负责农产品品牌培育、保护和发展，负责农产品品牌的认证和监督管理；指导全区生态循环农业建设和农业可持续发展工作；指导全区农技推广服务体系和农业社会化服务体系的建设与管理；负责农业植物新品种保护工作；负责农、林、牧、渔、农机等涉农安全生产管理；负责全区农业实用技术培训，参与农民职业教育工作；负责农业技术人员的继续教育、业务培训；负责农业法制宣传教育、农业行政执法体系建设，组织执法人员参加培训；负责以局名义作出的行政许可事项的审批和法律、法规授权的行政许可事项的受理、办理工作；负责行政服务中心农林窗口的管理工作。
（五）农村社会发展科
研究提出统筹城乡发展和新农村建设的有关政策建议；负责拟订全区统筹城乡发展和新农村建设工作规划和年度计划；研究提出全区农村住房制度改革和住房集中改建政策建议，并组织实施；负责指导农村工作指导员工作；研究提出农村社会发展与改革对策建议；负责幸福美丽新农村建设，组织实施村庄整治建设、全面小康村创建、中心村培育、特色村建设等工作；组织实施农村生活污水处理项目建设；负责实施村级公益事业建设一事一议财政奖补；参与指导基层组织建设、文明村创建、农村社区建设、农村社会管理创新等工作；编制帮扶开发规划，负责相对欠发达地区结对帮扶工作；负责实施“低收入农户奔小康工程”。
（六）海洋与渔业科
组织编制并监督实施海洋功能区划、海域使用规划、围填海规划、可利用无居民海岛保护与利用规划、海域海岛海岸整治修复与保护规划；建立和完善海洋综合管理制度，协调和规范海域海岛使用秩序；组织实施海域海岛使用权管理和使用权市场建设管理；负责海岛生态保护和无居民海岛使用管理；编制并实施全区渔业产业、资源发展规划和计划；负责渔业经营管理工作，指导渔业专业合作组织建设；指导水产健康养殖示范基地建设；扶持和培育海洋新兴产业；负责渔业机械化和节能减排工作。
（七）农业园区建设管理科
负责编制园区总体发展规划及实施方案；负责区域内土地的规划、征用、开发和管理；负责工程前期建设的规划、用地等有关手续的申办；负责营造良好投资创业环境；负责项目工程的设计预算决算、招标、施工管理、竣工验收；负责园区招商引资政策的制定及落实；负责园区的对外宣传；协助办理进入园区内外商投资企业注册等各项审批工作；负责国家农业综合开发高新科技示范项目的实施与管理；负责园区内各单位的科研、技改项目的立项申报；负责有关农业项目的开发。
（八）森林公安局
负责全区森林公安工作；协调和督促查处破坏森林和陆生野生动植物资源的违法犯罪案件；负责全区濒危物种进出口和国家保护的陆生野生动物、珍稀植物及产品出口的审核工作；承担区森林消防指挥部办公室的日常工作；负责森林资源管理工作；组织开展全区森林资源、湿地资源调查、动态监测和评价工作；指导监督森林资源有偿使用，负责陆生野生动植物资源的保护和管理；组织拟订森林资源可持续发展的政策措施和技术规程；组织编制森林采伐限额方案并监督实施；监督林木凭证采伐与运输；指导林地、林权管理并负责山林纠纷的调查处理；承办林业行政复议工作。
（九）财务科（挂会计核算分中心牌子）
负责局机关财务、资产管理，建立健全各项内部财务管理制度；负责年度预算的编制；指导局属单位财务工作，负责局会计核算分中心的运行和内部审计；参与全区农、林、牧、渔、农机等投资项目的立项审核、报批和监督管理；负责编制报送行业报表及有关统计报表等工作。
