根据上述职责，县农业局（县委农工办）设6个内设机构：
（一）办公室
负责组织、综合协调局机关日常工作；负责农业综合性文件和材料的起草、审核、制定工作；负责局机关文电、信息、会务、机要、目标管理、档案、信访、督查督办、保密工作；负责重大突发事件应急综合管理；组织办理人大代表建议、政协委员提案;负责局机关计划生育“三结合”工作；负责局机关及直属事业单位的人事管理、队伍建设，机构编制工作；负责人事档案管理；负责机关公务员和直属事业单位工作人员的考评、管理和晋职晋级工作。
（二）计划财务股
负责局机关及直属事业单位的劳动工资、离退休人员管理工作；负责编制部门年度财务预算草案和执行财政下达预算；负责单位各项资金、资产管理，做好单位财务收支计划、财务核算、年度财务决算、收支票据（资料）审核、会计档案管理等工作；指导局直属事业单位和行业协会财务管理，实施会计监督；负责财政项目的论证、立项、申报、资金下达和管理工作；负责局机关后勤管理服务及国有资产使用管理工作。
（三）科教与农产品质量安全监管股（法规股、行政审批股）
负责拟定农业科技教育长期规划及年度计划，实施“科教兴农”战略；承办政府部门农业涉外事务，组织对外经济、技术交流与合作；负责农业社会化服务体系建设工作；组织农业科研和技术推广项目的遴选，组织实施农业科研成果转化，管理农业科技成果；组织实施农村实用技术培训；负责农村科技信息的收集与发布；负责农业科技承包工作；监督管理农业投入品和农产品生产质量安全；负责无公害农产品、绿色食品、有机农产品的申报认证和管理工作；牵头拟订农产品生产技术规程和质量安全标准并组织实施；参与农产品标准化规模基地建设；指导农产品生产监管监测体系和质量安全服务机构建设；负责农产品生产质量安全风险评估；负责系统内技术人员的技术培训、继续教育，以及农户农业生产技术技能培训；拟定农业技术推广队伍建设规划和有关政策；负责农业技能鉴定工作；负责干部的继续教育培训工作；负责农业专业技术职务评审有关工作；负责农业科技成果管理，野生植物资源保护和农业转基因生物安全管理等工作；指导农业生物物种资源的保护和管理工作；承办外来农业物种管理的相关工作。
承担农业、畜牧、水产法律法规、规章的宣传和贯彻落实工作；组织起草涉农规范性文件；承担有关行政应诉、行政复议、行政调解、规范性文件的审核与报备等工作；承担本系统、本部门普法和推进依法行政工作的组织协调和督促指导；指导农业行政执法体系建设，指导、监督农业执法工作；参与农资市场秩序的整顿、规范和农资打假工作；开展渔政执法，调查处理渔事纠纷；负责对水产资源、水生野生动物的管理和保护；协助征收水产自然资源增殖保护费。
承办县政府公布的有关行政审批事项；依法发放有关行政许可证。
（四）农业农村综合股（农村合作经济管理股）
负责县委县政府农业农村工作文件、讲话、汇报材料的综合起草工作；组织开展农业、农村经济社会发展重大问题调研和重要工作督促检查；组织开展农业、农村经济社会发展与改革政策研究并提出有关政策建议；拟订农村改革体制、机制、制度创新方案并组织实施，协调、指导农村改革试点示范、总结推广工作；牵头组织涉农部门实施农业重大项目建设；指导全县新农村建设工作，研究拟订新农村建设相关政策措施，编制新农村建设总体规划并组织实施，协调县级有关部门新农村建设工作；牵头协调农村人身小额保险工作；会同县级有关部门做好农村教育、卫生、文化、体育等社会事业发展和农村精神文明建设、维护社会稳定等工作。
牵头制定农业发展战略、负责编制全县种植业、养殖业综合发展战略、中长期规划、年度计划并组织实施；负责农业产业化重点龙头企业的协调服务、监测管理；牵头负责农业重大项目的论证申报、协调服务、建设管理；负责农业招投标管理以及农业项目投资统计管理工作；组织编制大中型农业、畜牧等建设项目的项目建议书和可行性研究报告；根据主管部门的安排申报项目，按照已经审批的项目要求审定项目实施方案，并组织检查和验收；指导农业产业化经营、产业和产品结构调整；负责培育县级及以上农业龙头企业及统计工作；指导休闲农业发展；开展农业扶贫工作。
负责监测分析农业和农村经济运行，指导并承担农业生产、农民增收统计工作；指导农业农村经济信息体系、农产品市场体系建设与服务；承担“菜篮子”工程有关工作，指导农产品营销工作；牵头组织参加农业博览和农产品展示展销等活动；负责农产品市场价格监测与分析；负责农业品牌创建、培育、保护和发展工作。
研究并组织实施农村经济体制、农村土地承包经营权改革，稳定完善以家庭联产承包为主的责任制和统分结合的双层经营体制的相关政策；负责农村土地承包经营权证的备案、登记、发放等工作；负责指导农村土地承包经营权等农村生产要素流转及合同管理；负责指导和监督农村集体经济组织经营管理农村集体资产，发展壮大农村集体经济；负责指导和监督农村集体经济组织的财务会计、审计工作；负责农民负担监督管理；负责对农民专业合作社建设和发展给予指导、扶持、服务；负责农业、农经定期与年度统计、农村经济运行分析、农民增收分析。
（五）农机化和安全生产监管股
拟订农业机械化发展规划、政策、技术方案并指导监督实施；负责农机化生产的组织指导、技术推广、服务组织培育和信息服务；指导农业生产机械装备发展；指导农机维修管理，提出农机更新报废政策建议并组织实施；指导农业机械化生产道路、农机具、库棚等农机化基础设施建设；组织实施农业机械化发展扶持政策；拟订农村机电提灌发展规划；拟订农村机电提灌资金的需求计划和分配方案并监督实施；指导农村机电提灌项目的实施和机电灌溉服务组织建设。
指导农业行业安全生产。牵头落实安全生产责任制，拟订安全生产工作制度和安全生产目标责任，并组织检查和考核；牵头拟订安全生产工作意见及有关方案、应急预案并组织实施；负责安全生产统计和安全生产形势分析；组织开展安全生产检查和隐患排查治理；组织开展安全生产宣传教育、培训；依法组织或协助有关部门调查处理农业安全生产事故；指导农机安全监理体系建设和农机安全监督管理。
（六）畜牧和水产生产管理股（兽医兽药和饲草饲料管理股）
拟订畜牧、水产业发展规划并组织实施，提出扶持畜牧业发展的政策建议；负责指导全县畜牧业、水产业结构布局和畜牧、水产养殖业项目的论证并组织实施和管理；指导品种引进、改良和地方品种资源保护；负责畜禽政策性保险、补贴工作；负责养殖环境保护，畜禽养殖业废弃物的综合利用；负责养殖技术指导，畜牧、水产的行业经济、技术信息工作；组织开展有关畜牧、水产业的区域合作与交流。
负责全县畜牧、水产发展中长期规划和年度计划；畜牧、水产资源的综合、开发利用和生产情况统计，负责水产养殖技术的指导，监督指导水产品质量安全。
负责兽医兽药行政管理，拟定全县兽医兽药行业规划并组织实施；组织开展兽医、兽药饲草饲料安全监测执法等管理工作；拟订全县畜禽定点屠宰厂（场）设置规划；负责全县乡镇畜牧兽医、乡村兽医、执业兽医、村级防疫员的管理工作；督促畜禽定点屠宰厂（场）建立畜禽产品质量安全追溯制度；拟订全县畜禽定点屠宰厂（场）设置规划并组织实施。组织实施国家畜禽屠宰统计监测制度，负责指导、完成畜禽屠宰企业相关统计报表上报工作。
负责全县饲料行业管理，拟订饲料行业发展战略、规划并组织实施；制定饲料产品质量监测计划并组织实施；负责农作物秸秆等饲料资源的开发与利用等工作；负责全县饲草的管理，指导牧草生产推广和饲草开发利用，发展种草养畜，草地保护和利用，生态草场的建设。
