根据上述职责，巫溪县城乡建设委员会设5个内设机构：

（一）办公室（组织人事科）

负责机关政务工作；负责文电、会务、档案、机要、财务等机关日常运转工作；承担信息、建议、议案、提案、宣传、政务公开、安全保密、信访，对外联络及行政后勤管理等工作；承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、队伍建设等工作；组织建筑工程专业技术资格评审工作。

（二）规划科（测绘管理科、城乡建设重点办）

负责组织编制、修改、评审、审查、报批全县城镇体系规划、城市总体规划、控制性和修建性规划、城市设计及相关专业规划；负责全县规划管理工作，负责城市规划区内建设项目的选址定点、规划方案审查、工程竣工规划验收等规划管理工作，严格审批规划项目和审批事项许可；负责全县规划行业管理；负责规划设计单位资质管理，负责规委会办公室和规划展览馆日常工作。负责本县相对独立坐标系统的审查和报批；负责设置、使用和维护测量标志；负责使用和管理测绘成果；负责测绘成果的质量监督；负责地理信息安全监管。参与城乡建设重点工程建设的计划编制，负责城乡建设重点工程建设的组织协调、综合调度和监督管理工作；掌握城乡建设重点工程项目建设动态、前期工作进展及建设过程中的主要问题，并提出解决问题的意见和建议。

（三）建筑管理科（城建备案办、城建开发办）

负责建筑行业管理，培育规范建筑市场；负责市场准入、初步设计和施工图审查、招标投标、建设监理、工程合同、施工许可、工程造价、工程担保的管理；负责建设工程现场管理，管理质量监督、安全生产、文明施工、工程保险和竣工验收；负责全县勘察设计咨询业的行业管理，培育、规范勘察设计市场，管理从业资质和职业资格；负责设计、建设标准、规范、规程的监督执行；负责工程地质灾害防治工作；负责建筑材料、设备使用许可的准入管理；负责住房建设、房地产开发企业资质管理、康居工程项目管理。

（四）村镇科（城镇建设办公室）

负责编制小城镇和村镇建设中长期规划及年度计划，并组织实施；负责指导编制县城规划区外的镇、乡、村规划和建设管理并指导实施；负责指导、协调全县小城镇建设试点工作，负责指导、协调县城规划区外的镇、乡、村规划区内基础设施和公共服务设施的建设工作；负责指导村镇人居环境改善、农村住房建设和农村危旧房改造工作；负责指导历史文化名镇、名村的管理工作；负责管理各片区村镇建设管理所。

（五）建筑科技与节能科

贯彻执行地方建筑节能标准并组织实施；承担建筑节能技术认定工作；承担建筑节能审查；承担建筑能效测评标识管理；贯彻执行能耗统计、能源审计和能效公示制度并监督实施；指导公共建筑节能监管体系建设；指导既有建筑节能改造和可再生能源建筑应用工作；承担推进绿色建筑工作；指导建筑新技术、新材料、新产品的推广应用工作。