对资金归集的差额补足所保障的主义务为资金归集义务。资金归集义务要求项目公司将资金在指定的时间之前归集进入其自己开立的监管账户之中，作为主权利人对项目公司的一项监管措施。与前述两种差额补足相区别的是，对资金归集的差额补足所保障的是主义务人在一定期限内保持监管账户中的资金达到特定金额的义务，该义务并不涉及对外支付。
对资金归集的差额补足的典型交易安排如下：项目公司与相关主体签署资金监管协议，协议中约定了项目公司的资金归集义务，并约定了第三方（一般为项目公司关联方）对资金的归集负有差额补足义务。某资金监管协议关于差额补足的约定如下：“若丙方未能按约定履行归集义务，丁方应于次日之前予以补足”。其中丙方为项目公司，丁方为项目公司的关联方。
