(一)办公室。负责机关日常运转工作,承担安全保密、信访、 新闻宣传、网络安全、政务信息、政务公开、政务督查、档案管理和外事等工作。开展重大问题调查研究,负责起草重要文件文稿。组织编制自然资源发展战略、中长期规划和年度计划工作。协调自然资源领域军民融合和脱贫攻坚工作。
(二)人事科。承办机关和所属单位、分局的人事管理和机构编制工作。承办对各旗县自然资源局领导班子和科级干部的人事管理。负责组织实施教育培训工作。承办机关劳动工资和所属单位、分局劳动工资的审核工作。承办自然资源系统专业技术人员队伍建设、职称评聘工作。负责指导人才队伍建设等工作。
(三)财务与资金运用科。负责机关财务、资产管理等工作。负责组织自然资源各项收入征缴工作。执行自然资源收益分配等有关财务制度,负责部门预决算、政府采购、国库集中支付、内部审计、国有资产监督管理工作。指导旗县区自然资源管理部门专项收入征缴工作。
(四)政策法规科。研究拟定全市自然资源管理的办法措施。组织开展法治宣传教育。承担行政复议、行政诉讼有关工作。
(五)行政审批科。承担“放管服”改革日常工作，组织协调自然资源领域综合改革有关工作。研究提出简化办事流程，提高服务效能的具体举措。承办自然资源局进驻市政务服务中心的行政审批事项，负责行政审批事项的审查工作，核发许可证书。负责行政审批事项的统计、分析工作；承担综合统计分析和相关专业统计的归口管理。指导旗县区自然资源部门的“放管服”改革和行政审批工作。
(六)自然资源调查监测科。贯彻国家自然资源调查监测评价的指标体系和统计标准,执行全市自然资源调查监测评价制度。组织实施全市自然资源基础调查、变更调查,动态监测和分析评价工作。组织开展水、森林、草原、湿地资源和地理国情等专项调查监测评价工作。承担全市自然资源调查监测评价成果汇交、管理、维护、发布、共享和利用监督。
(七)自然资源确权登记科。组织实施自然资源和不动产统一确权登记、权籍调查、不动产测绘、争议调处、成果应用的制度、标准、规范。承担指导监督全市自然资源和不动产确权登记工作。建立健全自然资源和不动产登记信息管理基础平台,监督管理登记资料。
(八)自然资源所有者权益和开发利用科。组织实施全民所有自然资源资产统计、资源资产价值评估和资产核算工作。编制全民所有自然资源资产负债表,落实、拟订相关考核标准。落实全民所有自然资源资产划拨、出让、租赁、作价出资和土地储备政策。组织落实自然资源资产有偿使用制度,建立自然资源市场交易规则和交易平台，开展自然资源市场调控。负责自然资源市场监督管理和动态监测。承担由市政府审批的市本级行政事业单位及改制企业的国有土地资产处置。落实自然资源开发利用标准,开展评价考核,指导节约集约利用。建立自然资源市场信用体系。
(九)国土空间规划科。落实国家、自治区国土空间规划相关政策，建立并监督实施全市空间规划体系。组织编制、评估、修改全市国土空间规划以及村庄规划和相关专项规划并监督实施。负责市本级国土空间规划的编制审核、报批工作，指导并监督各旗县区国土空间规划编制及相关专项规划的编制、审核、报批、实施工作。指导和审核涉及国土空间开发利用的市重大专项规划。开展全市国土空间开发适宜性评价, 建立全市国土空间规划实施监测、评估和预警体系。负责全市国土空间规划编制市场行业管理。负责国土空间规划编制单位的资质管理。
(十)国土空间用途管制科。落实国土空间用途管制制度规范和技术标准。提出土地年度利用计划并组织实施，负责建设项目用地预审。组织拟订全市耕地、林地、草地、湿地等国土空间用途转用和城乡规划管理等用途管制政策并监督实施。负责市各类土地用途转用审核、报批。
(十一)耕地保护监督科。负责实施耕地保护政策,组织实施耕地保护责任目标考核和永久基本农田特殊保护,负责永久基本农田划定、占用和补划的监督管理。组织开展农用地分等定级评价。承担耕地占补平衡管理工作。承担土地征收征用监督管理工作。负责耕地保护政策与林地、草地、湿地等土地资源保护政策的衔接。
(十二)国土空间生态修复科。拟订全市国土空间生态修复规划。组织实施国土空间综合整治、土地整理复垦、矿山地质环境恢复治理等工作。组织实施有关生态修复重大工程。指导地方国土空间生态修复工作。实施生态保护补偿制度。组织开展矿业遗迹保护。指导绿色矿山建设工作。
(十三)矿业权管理科。依法管理全市矿业权。负责市级发证的采矿权新立、变更、延续、抵押、注销和发证管理工作。负责自治区级发证的矿业权受理、初审、延续、上报工作。负责监督管理全市矿业权市场建设，组织实施市级发证的采矿权招标、拍卖、挂牌、出让工作，编制、上报矿业权设置规划局部调整方案。负责调处矿业权权属纠纷。组织矿业权人勘查开采信息公示工作。组织协调全市自然资源行业矿山安全生产相关工作。
(十四)矿产资源勘查开发和保护监督科。 组织编制实施全市矿产资源规划，监督检查实施执行情况。组织实施市级地质勘查项目。负责地质勘查行业规范执行情况的监督管理。负责矿产资源勘查、合理利用和保护的监督管理。负责矿产资源储量和矿山储量动态的监督管理。负责地质资料汇交、保管和利用的监督管理。负责矿业权出让收益管理。负责地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题的监督管理。负责全市古生物化石等地质遗迹的监督管理。承担全市地质灾害的预防和治理工作。
(十五)测绘地理信息和科技信息科。贯彻执行国家、自治区测绘地理信息的法律法规和方针政策。负责测绘活动、质量和民用测绘航空摄影与卫星遥感的监督管理。负责测绘资质资格的管理。建立和管理全市测绘基准、测绘系统。拟订全市基础测绘规划、年度计划及重大项目计划并监督实施。负责地理信息成果管理。负责地图管理和测量标志保护，提供测绘地理信息应急保障，指导监督地理信息公共服务。拟订自然资源领域科技发展战略、规划和计划。贯彻执行国家、自治区有关技术标准、规程规范，组织实施重大科技工程、项目及创新能力建设。负责科技成果应用、管理和卫星遥感等高新技术体系建设。负责自然资源电子政务、信息化建设管理工作。
(十六)建筑工程规划管理科。负责建设项目的选址、现场踏勘和建设工程设计方案、建筑造型及外装饰设计方案的技术审查、报批工作。负责户外墙体广告的审查、报批工作。负责建筑工程项目的验线和竣工规划核实工作。负责建筑工程规划审批项目的统计、分析工作。指导旗县区自然资源部门建筑工程的规划管理工作。
(十七)市政工程规划管理科。负责各类市政基础设施项目的选址、规划审查、报批工作。负责组织地下管线的普查及动态更新管理工作。负责环境景观设计项目的审查、报批工作。负责雕塑、非墙体广告及站牌、路牌等设施的规划审查、报批工作。负责市政工程项目的验线和竣工规划核实工作。负责市政工程项目的统计、分析工作。指导旗县区自然资源部门市政工程的规划管理工作。
(十八)村镇规划管理科。负责落实国家、自治区和市委市政府实施乡村振兴战略相关工作。执行国家有关镇、乡、村规划工作的方针和发展政策，组织研究镇、乡、村规划管理工作，制定规划工作的实施办法和相关规章制度。对镇、乡、村规划工作的实施情况进行监督检查；负责巴彦淖尔市中心城区镇、乡、村项目的审批工作。负责全市村镇规划审批管理资料的统计和汇总工作。组织全市村镇规划管理人员、设计人员技术交流和业务培训工作。指导旗县区自然资源部门村镇规划管理工作。
机关党委。负责机关和所属单位的党群工作；负责机关党风廉政建设。
离退休人员工作科。负责离退休人员管理工作。
