根据上述主要职责，自治州煤炭工业管理局内设3个职能科室：

（一）办公室：负责局机关的党务工作,负责机关文秘、档案、信息、保密、财务、人事、精神文明等行政事务，负责局机关经费和国有资产管理工作。

（二）煤炭工业管理科：根据国家发展煤炭工业的方针政策,研究提出发展巴州煤炭工业的方针政策和地方性法规、规范和技术标准，依法整顿煤炭生产秩序，负责关闭非法和布局不合理的煤矿；负责煤矿生产许可证、煤炭经营许可证的审查和上报自治区审批、颁发与管理，维护市场公理竞争秩序；组织制定自治州煤炭工作总体发展战略和中长期规划、年度计划。负责实施科技兴煤战略，指导煤矿技术改造，推动高产高效矿井和质量标准化建设；组织煤炭工业经济技术合作与交流，掌握分析全州煤炭工业经济运行动态，收集、统计、发布煤炭经济技术、市场信息并提供信息、技术、咨询服务。

（三）煤矿安全监督管理科:负责对全州煤矿安全进行日常性的监督检查，组织调查和处理煤矿违法违规等行为。参与煤矿事故的调查处理，指导和协调企业事故应急救援工作。负责全州煤炭企业管理者安全资格培训和煤矿特种作业人员的培训，负责煤矿安全事故信息报送。