(一)划入的职能
1. 原市多种经营管理局承担的全部行政管理职能;
2. 原市蔬菜副食品办公室承担的全部行政管理职能;
3. 原市水利农机局承担的农业机械管理职能;
4. 原市委农村工作部承担的农业资源开发和农业区划管理职能。
(二)新增的职能
1. 指导和组织实施农林牧渔各业技术标准工作;
2. 农药、肥料的监督管理工作;
3. 承担饲料和饲料添加剂的管理工作。
(三)转变的职能
1. 实行政企分开，把企业生产经营权交给企业;
2. 实行政事分开，把农林技术指导、咨询、培训等业务工作交给下属事业单位。
(四)加强的职能
1. 农林综合执法;
2. 农林信息化体系建设;
3. 实施科教兴农战略;
4. 发展外向型农业;
5. 保护农林生态环境。
二、常熟市农林局主要职责
根据上述职能的调整，常熟市农林局的主要职责是:
(一)研究农林各业(包括种植业、林业、园艺业、畜牧业、渔业和农业机械化等)的发展战略，拟定中长期发展规划和年度计划，经批准后组织实施。
(二)贯彻执行国家和省、市制定的有关农林各业的法律、法规、规章，研究起草相关法律、法规、条例的实施细则(或意见)，负责农林和农机综合行政执法。
(三)负责农林各业的科研、教育、技术推广及其服务体系建设，指导品种、知识、技术三项更新工程项目的立项招标并组织实施，负责农林科普教育工作。
(四)参与农林各业技术标准的制定，指导实施农业标准化工作。负责农产品质量安全的监督管理，负责种子、农药、肥料、兽药、饲料及其添加剂等农业投入品质量的监督和监测工作，组织指导元公害农产品、绿色食品和地方名、特、优农产品的开发与管理。
(五)负责农林信息工作。指导搞好农林信息体系建设，预测农林各业的最新发展动态，及时采集、整理、加工、传播与农林各业发展有关的信息。
(六)负责指导农林生态环境保护工作，参与农林生态环境污染控制和综合治理，提高耕地、水源和大气等质量，增强农林各业综合生产能力，实施农业可持续发展战略。
(七)负责农业资源、宜农滩涂和农村可再生能源的综合开发，组织农林各业对外招商引资，开展经济技术交流与合作，参与发展创汇农林业。
(八)负责动植物种子、种苗和种畜禽的管理;组织、指导和监督动植物的防疫、检疫工作，及时发布疫情并组织扑灭。
(九)负责渔政、渔港监督管理和渔船检验工作;依法保护水生野生动物资源;组织指导渔业安全生产;参与协调渔业纠纷和查处重大渔业水域污染事故。
(十)负责农机安全生产，会同有关部门加强农机技术监督管理，加强农机维修行业管理及网络建设;负责农机安全技术检验、核发牌证;参与农机事故的调查处理工作;负责防灾抗灾农机用油的计划申报、分配、监督管理和农机具的调度。
(十一)负责市属蔬菜副食品基地的规划、开发、建设、保护和管理工作;参与市区蔬菜副食品批发、零售市场的网点布局规划和新建批发市场的审批;负责市区新菜地开发建设基金的征收、管理和物价调节基金的使用预算。
(十二)负责本市建成区以外的绿化工作;指导植树造林和封山育林工作，负责森林资源和林地、林权的管理;指导国有林场、森林公园和野生动植物资源的保护和管理以及森林病虫害防治;负责育林基金的征收和管理;组织协调、指导监督森林防火工作。
(十三)受国资部门委托，负责局机关及局直属单位的国有资产监督管理和专项经费的计划与管理;承担局系统内的组织、宣传，统战、财务、审计、人事、劳动、群团、人武、综治、计生、老干部、知识分子等各项工作。
(十四)承办市委、市政府交办的其他事项。
