根据上述职责，市农林局设10个职能科（室），均为正科（股）级建制。

（一）办公室

协助局领导处理日常事务，协调机关和直属单位的政务工作；组织、承办和协调综合性会议和重要要活动；负责保密、机要、文秘、档案、信访、督查和政务信息的收集、综合及上报工作；拟定局机关内部管理制度并监督实施；负责人大、政协建议提案的办理等工作；承担机关接待后勤服务工作。承担局领导交办的其他事项。

（二）党委办公室

协助局党委开展日常党务工作，协助做好组织、宣传工作；组织开展党员培训、政治理论学习和精神文明建设等活动；负责知识分子工作；承担综合治理、计划生育、老干部、统战和人武部等工作。

（三）人事科

负责局系统人才资源开发工作；承办局系统人员调配、劳动工资、保险、机构编制、人事档案等管理工作；承办局机关和下属单位的考核工作及本系统各系列专业技术职称评聘工作；负责局系统技术工人等级考核管理工作。

（四）财务审计科

拟定本局预算管理指导意见；负责编报局行政综合预算和决算；负责局系统国有资产和项目经费的管理工作；负责局机关和下属单位的财务管理工作，开展财务管理业务指导和检查，实施财务审计；负责局机关财务档案管理及下属单位财务档案的检查、指导；负责局机关及下属单位政府采购工作的协调和联络；负责下属企业经营机制转换的指导和协调工作；承办与财务有关的其他事项。

（五）农林渔业科（蔬菜办公室）

组织拟定农林各业的中长期发展规划和年度计划；研究并组织实施农业各产业发展的区域布局规划；组织指导农业产业结构调整和产业化经营工作；及时掌握农林各业灾情并提出抗灾防灾措施；负责拟订本市蔬菜副食品生产经营方面的政策和规划；组织实施市属蔬菜基地和市场的开发、建设和保护；编制物价调节基金的使用预算；征收新菜地开发建设基金；掌握市区蔬菜副食品的市场供求状况，提出协调和保障市场供应对策、意见；参与农业龙头企业的管理和服务工作；负责农药、兽药等经营资格的审核和农药、肥料等农资的质量检查；负责市建成区以外的绿化工作，指导植树造林、森林病虫害防治等工作；负责动植物防疫、检疫工作。

（六）科教信息科

负责拟订农林各业的科研、教育、技术推广发展规划和实施办法；组织农林科研项目攻关、技术开发和示范推广工作，承办农林各业科研项目的筛选、审核上报和管理工作，管理科技成果及技术专利；负责管理农林技术推广体系建设；负责本系统的业务培训、科普教育和绿色证书发证及管理工作；负责农林科技档案管理；协调农林系统学会和协会工作。

负责全市农林各业的调查研究、统计汇总和分析总结，起草综合性报告和调研报告；收集、预测并发布农林各业的新技术、新品种动态及各类农副产品和农业生产资料供求情况等农业信息；及时总结和宣传各类农林典型；指导全市农林信息网络建设。

（七）法制科

负责有关农林各业的法律、法规及规章的宣传贯彻；参与上级农林各业相关法律、法规、条例、实施细则（或意见）的研究、起草，并负责贯彻落实；承办本系统的法制教育、培训和执法监督检查工作；指导农林和农机行政执法体系建设，指导农林和农机综合执法，承办有关案件的查处工作及农林和农机行政复议。

（八）农业机械管理科

负责编制农机发展中长期规划，经批准后组织实施；负责农机安全生产，会同有关部门加强农机系统技术监督管理工作，负责农机安全技术检验、核发牌证；指导制定农机新产品、新技术的试验示范与推广计划；指导机械化农业生产和农机服务组织的服务、经营活动；协调和指导农业机械有组织地跨区作业；参与农业规模经营、农业现代化试点工作；负责农机维修行业管理及网络建设；负责农机用油需求预测和农用柴油市场的监督和协调工作；负责防灾抗灾农机用油计划的申报、分配和监督；参与和组织农业的抗灾救灾工作；参与调查、分析、处理重大农机事故和农机产品质量问题。

（九）农业资源开发科（对外挂“常熟市农业资源综合开发管理局”牌子，保留副局级）

按照国家和省有关农业资源开发项目管理的法律、法规和政策，指导编制、筛选、评估农业资源开发和对外招商项目，经批准后组织实施；指导农林系统涉外工作，组织开展对外农林经济技术交流与合作；负责有关项目的立项、审核、审批、开发项目管理和滩涂资源费收取管理等；协助有关部门做好农业资源开发项目的资金管理，检查项目建设情况，管理项目档案；规划、指导农业现代示范园区建设。

（十）农业环境保护与标准化科（挂“常熟市绿色食品办公室”牌子）

组织协调生态农业体系建设、农业生态环境保护和农村可再生能源的综合开发利用工作；参与拟订农产品生产技术和质量标准，指导农产品的标准化生产，进行农产品质量的监督和管理；实施农产品优质化、创品牌战略，负责优质农产品、无公害食品、绿色食品和有机食品的登记、申报和认证管理工作。