TOC测定仪具有流程简单、重现性好、灵敏度高、稳定可靠、测定过程一般不消耗化学药品、不产生二次污染、测量全部有机碳含量等优点，因而TOC是实现有机污染物排放控制的最佳综合指标。但是在TOC测定过程中仍然还存在大量的问题，有待进一步的研究。

1、水样中的大颗粒悬浮物不能进入仪器，测试结果未包括全部颗粒的TOC。

2、低温燃烧法温度不统一，一般是先将IC去除，然后中温(1000℃)催化燃烧，这就涉及到IC去除是否充分的问题。

3、采用燃烧法直接测定TOC前要曝气去除溶液中的TIC，由于曝气过程会造成水样中挥发性有机物的损失而产生测定误差，因此其测定结果只是不可吹出的有机碳(NPOC)值，TOC是POC和NPOC的总和。由此可见，颁布已十多年的标准GB213193291必须进行修订以切合技术水平的要求。

4、我国关于TOC测定的标准仅在《污水综合排放标准》(GB897821996)中有规定，TOC检测标准尚未出台。而实际工作中，TOC的检测早已经成为一些领域的不可缺少的一环。他们更多的是参考美国药典或日本药方局颁布的有关规定。

5、国家对废水的达标考核指标是CODCr，在一定条件下，解决好TOC与CODCr值的相关性，才能解决非国标测试方法与现行管理制度不适应的问题 。