根据上述职责，州国土资源局设11个内设机构：
（一）办公室
负责组织协调局机关政务工作；负责文电、会务、机要、文书档案等日常运转工作；组织对州人大、州政协有关建议、提案的办理；承担政务信息、保密、新闻宣传、政务公开、保卫、后勤管理、接待及政府采购等工作。
承担国土资源有偿使用的资金管理工作；依法承担国土资源专项收入征管相关工作；承担上级和州级财政拨付的有关专项资金的监督管理和部门预算、国库集中支付和内部审计有关工作；拟订有关财务、资产管理规定，承担所属单位财务及国有资产监管工作；承担局机关财务及资产管理等工作。
（二）规划与调控监测科
组织编制实施全州土地利用总体规划、矿产资源规划、地质环境规划；依法指导和审核国土资源相关规划；编制管理全州土地利用年度计划；承担建设项目用地预审和用地规划审查工作，负责全州国土资源形势分析研究及调控监测工作；承担全州国土资源管理综合统计工作。
（三）耕地保护科
承担耕地保护责任目标考核有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；指导土地整理、复垦、开发工作，保证耕地总量动态平衡；承担各类建设用地涉及占用耕地的占补平衡措施的审查和监督检查、验收工作。
（四）地籍管理科
承担全州土地登记、土地调查、土地统计和土地权属争议调处的组织管理工作；拟定土地调查的实施方案并组织实施；组织全州地籍信息系统建设、更新和维护；承担或参与调处跨县（市）具有重大影响的土地权属纠纷；承担各类土地登记资料的整理、共享和汇交管理；承办老机场土地登记发证工作。
（五）征地利用科
承担全州城乡建设用地和土地市场管理工作；规范土地使用权出让、租赁、作价出资和转让行为；监督全州土地供应、土地价格、土地资产和土地储备有关政策的落实情况；组织审核节约集约用地评价和基准地价更新工作；承担农用地转用、土地征收征用的审查、报批、核查工作；组织拟订区域性征地补偿标准以及被征地农民的安置方案；承办法定期限内的国家集体建设用地土地供应相关工作。
（六）矿产管理科
负责矿产资源保护和开发利用的监督管理工作，承担全州矿业权申报和法律、法规授权范围内矿种的采矿审批、发证、变更、延续和注销登记管理工作；组织编制重要矿区矿业权设置方案，并负责监督实施；管理矿业权市场，组织征收矿产资源补偿费，依法收缴采矿权价款和采矿权使用费；组织调处重大矿权权属纠纷或跨县级行政区域的采矿争议、纠纷；协助管理国家、省级地质勘查项目；组织开展采矿许可证年检工作。负责全州矿产资源年报的编制和矿产储量动态管理工作；负责全州矿产储量评审机构管理，建立并管理全州矿产资源储量评审专家系统，承办权限内的矿产资源储量占用登记和占用储量、压覆储量的管理、登记工作，在法律法规规定的权限范围内对各类地质报告进行审查备案；确认采矿权评估结果；承担全州地质资料汇交工作；组织开展全州矿产资源形势分析和研究。
（七）地质环境科
组织全州地质灾害防治规划编制工作；负责全州地质灾害防治、地质遗迹、矿业遗迹保护和监督管理工作；组织开展地质灾害应急调查、重大地质灾害勘查治理和矿山地质环境恢复治理工作；指导、监督全州地质灾害的监测预警工作；依法管理地质环境、地质勘查和评价工作；承担州地质灾害防治工作领导小组办公室日常工作。
（八）法规监察科
负责有关国土资源管理规范性文件、政策建议的合法性审核工作；负责国土资源法律法规的宣传教育及普法工作；负责人民群众来信来访的接待、调查、督办工作；承办行政复议、听证和行政诉讼事宜；监督检查各级国土资源管理法律、法规、规章和方针、政策的贯彻执行情况和全州国土资源主管部门行政执法情况；依法组织查处全州土地、矿产违法行为；完善执法监察制度和网络，负责全州土地、矿产动态巡查监管和执法监管长效机制建设。
（九）地震科
负责编制全州防震减灾规划，拟订突发性地震应急预案；承担防震减灾行政执法职责，对防震减灾的各项工作进行监督管理；负责地震监测预报、地震灾害防御和地震应急工作；组织地震行业标准的实施，负责地震动参数区划图的贯彻应用和重大工程及可能产生严重次生灾害的建设工程地震安全性评价工作；承担州抗震救灾指挥机构的办事机构职责；开展地震应急调查和损失评估；组织地震科技研究和地震科技成果的开发应用和防震减灾的宣传教育工作，指导所辖县市的防震减灾工作。
（十）信息管理科
负责编制国土资源信息化发展规划、年度计划及实施方案;组织落实局信息化领导小组的决议；负责信息化建设和管理工作；统一汇总和管理各类国土资源基础数据和信息;负责网络维护和电子政务平台的搭建工作及用户密码管理，开展政务信息网上公开和社会化服务；负责局政务大厅报件的收发和形式审查；负责视频会议系统的建设、维护与管理；指导县市局开展国土资源信息化工作。
（十一）人事科
负责局机关及所属单位的人事、机构编制管理事项；按规定承担管理全州县市国土资源部门领导干部的有关工作；组织有关国土资源方面的合作与交流；负责局机关离退休干部工作，指导所属单位离退休干部工作；负责局机关和所属单位的党群工作。
机关党组织、纪检监察机构、工会按有关规定设置。
