根据上述职责，市水利和渔业局设5个职能科室。

（一）秘书科

协助局领导组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、会务、机要、档案、信息、保密、信访、调研、督查、政务公开、新闻发布和综合性文稿起草等工作；负责局机关离退休人员的管理服务工作，指导局属单位离退休人员的管理服务工作。

（二）政工科

负责局机关和局属单位的党群工作、人事和劳动工资管理、机构编制和教育培训工作；指导水利和渔业行业人才队伍建设；负责水利和渔业体制改革的有关工作；组织水利和渔业科学研究、成果鉴定、技术引进、科技推广；承担行业技术标准和规程规范的监督实施工作；指导水利和渔业系统对外交流合作和引进国（境）外智力工作。

（三）规划财务科

拟订全市水利和渔业发展中长期规划，组织、指导编制水利和渔业流域规划、区域规划和专项规划；提出全市水利和渔业建设投资规模、方向和项目安排建议；审核、申报全市水利和渔业建设项目建议书、可行性研究报告、初步设计等计划管理工作；负责水利和渔业统计工作；指导审核乡镇（街道）水利和渔业的区域性规划；编制市级水利和渔业预决算，提出水利和渔业财政预算资金安排建议；承担市级水利和渔业资金及国有资产监督管理工作；协调有关水利和渔业价格、收费、信贷、税收事宜；负责局机关财务管理工作；指导和监督局属单位财务管理工作，负责行业内部审计工作；负责水利和渔业投融资工作。

（四）政策法规科（挂行政服务科牌子）

起草有关水利和渔业规范性文件，拟订有关政策；组织指导水政和渔政监察队伍建设、水利和渔业行政执法、水利和渔业行政事业性收费征收管理工作；组织指导全市水政、渔政管理工作；负责指导水利、渔业行政许可审批工作；负责查处涉水、涉渔违法事件，调处县（市、区）间的水事、渔事纠纷；指导水利和渔业法律法规的普及和宣传工作；承担相关行政复议、行政应诉和行政赔偿工作。

（五）移民办公室

负责组织编制水利水电工程移民后期扶持规划及有关专项规划；负责水利水电工程移民安置和后期扶持项目的管理监督工作；负责水利水电工程移民后期扶持资金的使用管理与监督工作；组织落实水利水电工程移民后期扶持措施；负责水利水电工程移民政策的宣传、移民培训和信访稳定工作。