2013年4月23日，上海出入境检验检疫局与上海海关共同宣布在上海口岸通关单无纸化试点。试点范围涉及法律规定检验的所有出口商品及部分企业的进口法检商品。此举将进一步简化进出口申报手续，提高上海口岸通关效率。

通关作业无纸化的目标是单证审核依据由传统的纸质单证为主向电子数据为主转变，实现通关全程无纸化。通关作业改革涉及口岸管理的方方面面，海关与检验检疫、港务、机场、银行等其他单位联动显得至关重要。据统计，上海口岸21%的进出口报关单需验核检验检疫通关单（其中进口环节18%，出口环节23%）。上海出入境检验检验局与海关联系合作，共同研究决定自2012年4月23日起，对上海口岸进出境货物实施通关单无纸化试点。根据《上海海关和上海出入境检验检疫局关于实施通关单无纸化试点的公告》确定的试点范围，4月23日起出口法检商品和部分试点企业的进口法检商品的通关手续得以简化，并纳入海关 “无纸通关、事后交单”和“无纸通关、单证暂存” 新模式的适用范围。此项改革试点将进一步提升上海口岸通关效率，优化通关环境，提高通关作业的电子化水平，加快通关作业向真正无纸化转变的进程。

以往企业报关前须到检验检疫部门业务现场申领纸质通关单后才能向海关报关。实现通关单无纸化以后，申领纸质通关单这一环节节省了，法检商品的进出口通关作业环节简化，企业往返通关现场的次数减少，通关效率进一步提高，企业通关成本随之降低。

从4月23日起办理出口货物通关的企业和部分进口货物的试点企业，如货物需法定检验检疫的，可先将通关单申报电子数据发送给检验检疫，审核无误后，检验检疫将通关单电子数据发送给海关。企业向海关电子申报后，海关电子通关系统将报关单和通关单的电子数据进行自动比对，办理相关通关放行手续，并将验放指令通过网络回执告知企业和港务、机场，企业收到回执后即可办理出运和提货手续。从申报到放行全程无须递交纸面通关单。

上海检验检疫和海关双方将及时跟踪试点情况，协调解决试点中遇到的问题，并根据试点情况，逐步扩大改革试点的覆盖面，打造上海更和谐、更便捷的口岸环境。

2018年11月22日，内蒙古企业可以通过相关平台自主打印《海关专用缴款书》。这意味着内蒙古已打通海关通关无纸化的“最后一公里”，全面实现进出口通关无纸化。