根据上述职责，市环保局设6个内设机构。
办公室
负责局机关政务综合协调和监督检查。拟定局机关工作制度并监督执行；负责局机关文电、电子政务、档案、机要、保密、安全、保卫、车辆管理工作；负责综合性环保会议的组织协调和会议文件的起草；组织开展重要环保政务督查；归口管理环境信息和信息化工作；组织编报政务信息；负责局机关、直属单位的人事劳资、机构编制、干部培训、专业技术职务评聘及环境保护从业人员执业资格管理等工作；承担局机关和直属单位干部选拔任用和监督管理工作；承担环保系统领导干部双重管理、环境保护行政体制改革、人才队伍建设等工作；参与监督管理环境保护基本建设，参与组织环境保护政府采购（投招标）工作；组织编报、审核汇总预决算；负责国库集中支付、国有资产管理等工作；承担局机关财务管理、经费、会计核算和资产管理工作；负责内部审计工作；按照管理权限，指导、管理、监督排污费的征收和使用；会同有关部门管理市级环境污染治理资金和市级环境保护专项资金；组织全市环保行政表彰；归口管理环保业务表彰和社会表彰；协助开展地方党政领导班子环保政绩考核工作；拟定并组织实施全市环境保护宣传教育纲要和计划；开展全市环境保护对外合作交流。
政策法规科
开展环保政策研究；承担环保行政处罚、行政复议、行政应诉、行政赔偿等法律事务；依法对企业、事业单位和个体工商户采取行政处罚和拆除、查封、扣押等行政强制措施；组织开展环保执法检查；牵头组织联合执法；开展执法监督和行政稽查；负责执法队伍管理；负责各类评优创先活动的环保守法情况审核，组织环境友好型社会建设；负责环保目标责任制制定和考核;对各县（市、区）执行环保法律、法规情况进行监督；组织拟定重大突发环境事件和生态破坏事件的应急预案，指导、协调调查处理工作；协调区域环境污染纠纷；牵头环保系统信访、公众举报工作；负责环境执法后督察和挂牌督办。
环境影响评价科
贯彻执行环境影响评价政策、规章和技术导则并组织实施；负责对权限内的规划、计划和区域等环境影响评价文件进行审查；承担核与辐射以外的市管建设项目环境影响文件的审批工作；提出区域、流域限批和行业限批建议并监督实施；负责环境影响后评价工作；对违反国家《环境影响评价法》建设项目进行查处；负责矿井关闭相关工作;对环境影响评价机构资质和环境影响评价工程师资格进行日常监督管理。
污染防治科
组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、危险废物、化学品、机动车、饮用水源地等污染防治工作；组织实施危险废物、医疗废物及电子等工业废物排污申报登记、跨界河流断面水质考核、污染源限期治理、末位淘汰、城市环境综合整治定量考核、清洁生产强制审核、上市及再融资环境保护核查等环境管理制度；组织拟定有关污染防治专项规划并监督实施；查处违法排污行为；组织编制环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；负责环境保护中长期规划评估；负责提出环境保护专项资金安排意见并监督实施；组织实施全市主要污染物排放总量控制、排污许可证、排污交易和环境统计制度；提出总量控制计划；承担总量减排调度、监督、审核、考核工作，并定期公布考核情况；承担环境统计和污染源普查工作；负责核准节能减排财政和价格补贴相关工作；组织测算并确定区域、流域环境容量；组织编制环境统计年报和统计报告。
科技生态科
（生态市建设办公室）
监督管理对生态环境有影响的自然资源开发活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；编制市级生态功能区划，组织实施全市生态功能区划和生态经济区划并指导各县（市、区）开展相关工作；开展全市生态状况质量评估；提出新建和调整的各类市级自然保护区审批建议，对自然保护区的保护工作进行监督；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护和畜禽污染防治工作；监督管理农村土壤污染防治工作；指导生态示范创建；组织实施农村环境综合整治；查处生态破坏事件。负责环境保护科技工作；拟定全市环境保护科技发展规划与计划；管理环境保护科研项目和成果；组织环境保护技术研发、工程示范与推广；执行地方环境技术规范并监督实施；参与指导和推动循环经济、清洁生产、环保产业发展和绿色消费；推动全市环境技术管理体系建设；建立环境保护设施运营单位资质认可制度；参与应对气候变化工作，组织开展环境与人体健康的有关工作；承担环境咨询相关工作；制定并监督实施环境监测制度；组织开展环境监测工作；调查评估全市环境质量状况并进行预测预警，组织编报环境质量报告书；实施环境质量公告制度，统一发布全市环境综合性报告和重大环境信息；负责全市环境监测系统业务管理和技术指导工作；承担环境监测网、污染源在线监控网和环境信息网的有关工作。
建设项目管理科
负责监督管理全市建设项目“三同时”制度执行情况，组织开展国家、省级及市级审批的建设项目试生产管理和市级审批的建设项目环境保护验收工作；开展建设项目违反“三同时”制度的查处工作；组织开展建设项目环境工程监理工作，对监理单位实施监督管理。
纪检、监察机构按有关规定执行。
