根据上述职责，曲靖市审计局机关设11个内设机构。

（一）办公室

处理局机关日常政务。负责会议的组织和有关报告文件及审计机关管理制度的起草和催办、督办，完成局机关情况通报工作；编制审计工作规划，草拟年度审计项目；负责机关文电、保密、信访、档案、统计、后勤服务、审计事业经费和专户管理；负责机关机构编制、人事管理和离退休人员工作。

（二）法制科

组织制定有关审计业务规章制度，承担全市审计机关审计业务质量的监督检查，承担机关行政复议和行政应诉，审核与复核局机关的审计报告、审计意见书和审计决定，实施审计普法教育，对县（市）区审计机关审计执法情况进行检查。

（三）科技信息科

负责审计系统网络的运行、维护管理，指导全市审计信息化建设，承担全市审计机关计算机应用技术的培训；负责局机关现场采集被审计单位电子数据，建立审计数据库；组织对内部审计的指导和监督；负责审计信息的宣传发布等工作。

（四）财政审计科

拟订市本级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计市本级预算执行情况、市地方税务系统税收征管情况、市级金库办理市本级预算资金的交纳拨付情况、县（市）区人民政府预算执行和决算；负责市财政局、市地方税务局及其下属单位的财务收支审计；完成审计授权和省安排的审计项目的审计；开展专项审计调查。

（五）金融与外资运用审计科

负责对地方金融、各类金融性公司，以及省审计厅授权的国家金融、保险机构的财务收支、信贷计划的执行及其结果进行审计监督，根据授权对证券发行、经营和交易所等机构的财务收支及经营的合规合法性进行审计监督；负责审计曲靖市运用国际组织和外国政府贷款、援助和捐赠项目的财务收支，提供世界银行和亚洲开发银行援助、贷款项目的审计公正报告；开展专项审计和审计调查。

（六）行政事业审计科

负责审计市级各部门和所属事业单位的财务收支，负责科教文卫及其下属单位的财务收支审计，开展专项审计和审计调查。

（七）经贸审计科

负责市属国有企业的审计监督，承担经贸、交通、电力、商粮、物贸、医药、供销等企事业单位的审计及下属单位的财务收支审计工作，负责国家控股的股份制企业、行业性、专项资金和省审计厅授权的省属企业的审计，开展专项审计和审计调查。

（八）农业与资源环保审计科

负责审计市属农林水牧、资源环保部门及其下属单位的财务收支和扶贫开发等专项资金的使用效益，负责审计受曲靖市人民政府委托由社会团体管理的农林水牧、资源环保资金的筹集、管理、使用情况，开展专项审计和审计调查。

（九）社会保障审计科

负责审计市级民政、社保部门及受曲靖市人民政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、生育、失业等社会保险基金的财务收支，以及各项社会福利、救灾救济、扶贫开发、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责省审计厅授权的行业性审计；开展专项审计和审计调查。

（十）固定资产投资审计科

承担对市重点建设项目预算执行和决算审计监督工作，组织对其他市属建设项目和曲靖市人民政府委托的建设项目的审计监督工作；负责省授权的审计项目的审计；开展专项审计和审计调查。

（十一）前置审计科

负责对市级政府性投资项目的建设程序执行情况、资金来源及到位情况、建设工程招标前施工图预算价的真实性及合法性进行审计监督，对市级政府性投资建设项目施工过程中变更事项进行审计监督。