杭州市余杭区国家税务局是杭州市余杭区主管国家税收工作的职能部门，为正处级全职能局。根据工作职责，设置11个内设机构（另单设机关党委办公室）、1个直属机构、3个派出机构和2个事业单位。
杭州市余杭区国家税务局设置11个内设机构，级别为正科级。
（一）办公室
拟订机关年度工作计划、有关工作制度及长远发展规划；起草和审核重要文稿；负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、密码等工作；承担税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；管理机关财务工作；负责局机关目标管理考核及督查督办工作；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议和政协委员提案的有关事项;协助领导对有关工作进行综合协调。
（二）政策法规科
承担重大税收案件审理工作；办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件；组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查，承担税收执法质量考核工作；配合财政、审计等部门对税务部门在税收政策上的监督与审计工作。负责流转税、所得税等税种的税政业务；管理增值税专用发票；负责金税工程的管理、推广应用及认证报税、数据采集、稽核管理工作。
（三）收入核算科
编制年度税收计划、免抵调库计划；监督检查税款缴、退库情况；开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作；承担税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作；承担税收收入数据的综合管理应用工作；负责税款缓缴、呆帐税金、死欠税款核销管理工作。
（四）纳税服务科
组织、协调和指导机关各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；指导税收争议的调解；承担12366热线、网站纳税服务栏目、短信系统的运行管理工作；负责税务代理工作的监督、管理、指导、协调。
（五）征收管理科
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法；承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理、税收征管软件应用、税控器具推广应用、纳税信用评定、委托代征代扣税款等方面的相关工作；组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。
（六）人事教育科
组织落实干部人事管理制度；承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作；监督检查执行干部人事规章制度情况；管理机关外事工作；组织实施机关精神文明建设、税务文化建设和基层建设；拟订并组织实施人员培训、学历教育工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估；落实上级巡视相关工作；承担机关离退休干部的服务和管理工作。
（七）监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；组织协调本系统的党风廉政建设和反腐败工作；受理对机关工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处机关工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作；牵头负责ISO9000体系文件和质检考核文件维护；组织开展全局“两级质检”工作。
（八）税源管理一科
负责流转税、所得税等多个税种的纳税评估、日常稽核和日常管理性检查工作；负责所辖范围内增值税一般纳税人、所得税重点企业的具体纳税评估工作和上级机关部署的重点评估企业的纳税评估工作；牵头组织开展行业、区域性或重点税源专项纳税评估工作；推广应用评估软件，及时报送纳税评估案例及相关材料。
（九）税源管理二科（办税服务厅）
负责对所辖纳税人的监控、管理和服务，具体负责所辖调查核实纳税户税务登记及纳税申报、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、处理一般性违规违章行为等。
负责纳税人到税务机关办理的各种涉税事项，具体包括税务登记、纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、税法（宣传）公告、金税发售、发行、发票代开、报税稽核、咨询辅导和受理纳税人涉税项目审批申请等工作。
税源管理二科内设股室参照税务分局设置；所属办税服务厅对外服务的名称统一为“杭州市余杭区国家税务局办税服务厅”。
（十）税源管理三科
负责国家进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作，负责出口货物退免税的审核和确认，负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作，编制出口退（免）税计划。
（十一）税源管理四科
承担对大型企业和重点税源企业的纳税服务指导工作；负责对大型企业和重点税源企业的税源管理、纳税评估和日常检查的指导工作；牵头开展对汇总（合并）纳税企业税收日常检查的指导工作。贯彻执行国家涉外税收法律法规，配合有关部门组织实施反避税检查，负责税收协定执行、反避税实施、涉外税务审计、外国居民税收监管、情报交换、国际税务管理合作等；负责所辖外商投资企业、外国企业的税源管理指导工作，组织实施特别纳税调整工作。
另外，根据规定设立机关党委办公室（简称“机关党办”）
负责机关和派出机构的党群工作；承担机关思想政治工作；承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员等工作。
稽查局
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调税收违法案件的查处、审理和执行工作；受理税收违法案件的举报；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；承担金税工程发票协查工作；牵头组织税收专项检查工作。
按照《浙江省国家税务局系统规范稽查机构设置明确职责分工方案》（浙国税人〔2008〕77号），稽查局设5个内设机构，级别为副科级，分别是：综合科、综合选案科、检查科、案件审理科、案件执行科。
1、综合科
负责稽查局综合性文书；负责税务稽查数据统计、分析、上报；负责稽查业务培训；负责稽查局公文处理、后勤保障、财物管理、卫生管理、车辆管理、安全保卫、临时人员、离退休干部管理等工作；负责组织实施“两级质检”工作；承办领导交办的其它工作。
2、综合选案科
负责涉税举报管理工作；根据群众举报、有关部门转办、上级交办、情报交换等资料确定稽查对象；按照上级和本级税务稽查工作计划，采用人机结合等方法，筛选确定稽查对象等。
3、检查科
负责按稽查工作计划具体办理涉税违法案件的直接查处工作；负责税务违法案件的协查工作；负责协查函件的承办和管理工作；负责计算机协查工作；负责税务违法案件的协查工作；承办领导交办的其它工作。
4、案件审理科
负责税务违法案件审理和税务行政处罚案件听证工作；负责移送局案审委员会涉税违法案件的初审工作；承办领导交办的其它工作。
5、案件执行科
负责稽查案件的执行工作；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作；承办领导交办的其它工作。
杭州市余杭区国家税务局按行政区划分别设置塘栖税务分局、余杭税务分局、瓶窑税务分局等3个税务分局，级别为正科级。
税务分局负责对所辖纳税人的监控、管理和服务，具体负责所辖调查核实纳税户税务登记及纳税申报、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、处理一般性违规违章行为等。
负责纳税人到税务机关办理的相关涉税事项，具体包括税务登记、纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、税法（宣传）公告、发票代开、报税稽核、咨询辅导和受理纳税人涉税项目审批申请等工作。
税务分局设置综合股、纳税服务股、税源管理一股、税源管理二股、税源管理三股、税源管理四股等6个内设股室。
1、综合股
负责分局所辖纳税人的户籍管理及税务登记、变更、停（复）业、注销、非正常户等管理工作；负责增值税一般纳税人资格及其管理类别的相应管理工作；负责福利企业的年检年审的相应工作；负责流转税、所得税等税种税政业务审批项目的审核；按上级要求负责金税工程的计划和推广工作；按权限负责发票领用资格的审核、上报工作；负责对分局涉税业务的政策指导、监督、检查工作；负责与业务主管部门的日常工作联系和税收政策的上情下达；负责分局征管质量工作的指导、分析、监督、检查；负责分局思想政治、纪检监察、行风建设、教育培训、信息调研、公文处理、后勤保障、出纳、财物管理、卫生管理、车辆管理、安全保卫、临时人员、离退休干部管理等工作；负责组织实施分局税收执法质量考核和“两级质检”工作；承办领导交办的其它工作。
2、纳税服务股（办税服务厅）
负责纳税人到税务机关办理的各种涉税事项，具体包括纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、发票代开、税法宣传、金税发售、报税稽核、咨询辅导和受理各类税务文书申请；受理税务行政许可事项申请；处理一般性违规违章行为；开具外出经营税收管理证明、销货退回（折让）证明等单证；负责税收票证的管理；承办领导交办的其它工作。
分局所属办税服务厅对外服务的名称统一为“杭州市余杭区国家税务局XX分局办税服务厅”。
3、税源管理一股
根据上级布置和分局征管工作要求，负责所辖纳税人的流转税、所得税等多个税种的纳税评估、日常稽核和日常管理性检查的实施工作；负责所辖范围内增值税一般纳税人、所得税重点企业的具体纳税评估工作和上级机关部署的重点评估企业的纳税评估工作；及时报送纳税评估案例及相关材料。
4、税源管理二股
负责对分局所辖企业（大型企业、重点税源企业和涉外企业除外）的监控、管理和服务，具体负责所辖调查核实纳税户税务登记及纳税申报、进行税源预测和分析、税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、纳税评估、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、处理一般性违规违章行为等。
5、税源管理三股
负责对分局所辖个体工商户的监控、管理和服务，具体负责所辖个体工商户税务登记、建帐建证、定额管理、催报催缴、税收宣传、纳税辅导、数据采集分析、处理一般性违规违章行为等。
6、税源管理四股
承担对分局所辖大型企业和重点税源企业提供纳税服务工作；承办汇总（合并）纳税企业、重点税源企业的纳税评估、税收日常检查的有关工作。贯彻执行国家涉外税收法律法规，根据上级要求，配合有关部门组织实施反避税检查，具体负责税收协定执行、反避税实施、涉外税务审计、外国居民税收监管、情报交换、国际税务管理合作等；负责所辖外商投资企业、外国企业的税源管理工作，负责特别纳税调整工作的具体实施。
杭州市余杭区国家税务局设置2个事业单位，级别为正科级。
（一）信息中心
落实税收管理信息化建设规划和实施方案，执行信息系统管理制度和技术标准；承担机关信息化建设的技术支持、保障工作；承担税收管理信息系统的运行维护工作；组织信息安全管理与实施；负责机关计算机设备的维修、维护、调配管理。
（二）机关服务中心
承担机关后勤事务的管理、保障和服务工作，拟订机关事务具体工作制度并组织实施；承担机关办公用品的采购、保管、分配、维修；负责局机关房产管理、安全保卫、医疗保健等工作；负责局机关装备管理。
