根据上述职责，市国土资源局设11个内设机构：
（一）办公室。组织协调和处理市国土资源局机关日常政务、事务工作；负责全局综合性会议的筹备协调及其它会议的协助落实；负责综合文件起草及文电处理、机要保密、文书档案、综合调研、政务信息、新闻宣传等工作；负责制定机关工作制度，以及涉及全局性、综合性、时限性重要事项的督查督办；负责公务接待、安全保卫、车辆管理、办公物品采购、公共设施维护等后勤服务保障及物业管理；负责全市国土资源信息化建设管理。
（二）财务科。贯彻执行国家和省有关财务制度和规定，拟定有关财务、资产管理制度，承担机关财务和国有资产管理；编制机关及所属单位经费预决算，监督指导所属单位财务和国有资产管理，并对所属单位的经费使用进行内部审计监督；承担机关政府采购工作。
（三）耕地保护科。负责全市耕地保护政策的制定和耕地保护目标责任制考核工作；落实耕地占补平衡和基本农田保护工作；组织对基本农田保护工作的监督和检查；制定全市农用地转用、土地征收政策和办法，管理全市农用地转用、土地征收工作；拟订土地开发复垦整理政策；负责国家和省投资的土地开发整理项目的管理工作；组织实施全市土地开发整理项目库和新增耕地储备库建设。
（四）规划科。编制实施全市国土、土地利用、矿产资源等综合规划；组织编制全市资源调查评价、勘查、开发、整理、复垦等专项规划；依法指导和审核国土资源相关规划；编制管理全市土地利用计划和国土资源调查评价计划；负责建设项目用地管理，研究有关国土资源的区域、城乡统筹协调的政策措施；开展全市国土资源经济形势分析，研究提出我市国土资源供需总量平衡的政策建议，参与全市经济运行及相关政策研究；组织国土资源重大课题调研；承担综合统计和市国土资源局内专业统计归口管理工作；协调和组织有关综合研究工作。
（五）地籍管理科。负责全市地籍管理办法及土地调查、动态监测、地籍调查、土地登记、土地统计操作办法的拟定，组织全市土地利用现状调查、地籍权属调查、变更调查及土地统计；负责土地确权、登记、发证和收回国有土地使用权及其补偿及其它权属管理，调处重大土地权属纠纷。
（六）土地利用科。负责指导监督国有土地使用权划拨、出让、转让、作价出资、租赁和抵押工作；执行国家国有土地划拨使用目录指南和乡镇、村用地管理办法，指导农村集体非农土地使用权的流转管理；负责拟定政府收购土地管理办法，并组织实施；负责国有土地储备库建设，管理和规范土地市场，制定国有土地招标、拍卖、挂牌方案，并组织实施，对土地供应实行全程监管；组织实施基准地价更新调整，并公布实施；负责全市土地市场动态监测监管系统的管理与维护。
（七）矿管科。负责采矿权管理。根据省国土资源厅下达的开采总量控制计划，负责将控制指标落实到具体矿山；管理采矿权市场；组织监管矿产资源开采活动；依法调处采矿权权属纠纷；依法征收矿产资源补偿费。
（八）地质科。负责矿产资源储量管理。贯彻执行国家、省矿产资源储量管理办法、标准、规程；负责矿产资源储量统计；乙类矿产的登记、评审、备案；实施矿山储量动态监督管理；负责矿产资源补偿费核定；压覆矿产资源调查管理；管理辖区矿产资源储量评审专家；承担矿业权评估和地质资料汇交管理工作。负责探矿权监督管理。监督管理辖区内地质勘查行业、探矿权市场；负责地质勘查资质初审；监督管理辖区内地质勘查项目；依法调处地质勘查争议和纠纷；负责地质环境管理；编制并组织实施地质灾害防治规划，矿山地质环境恢复治理和保护规划；组织开展地质灾害防治；负责地热水、矿泉水勘查监督管理；组织实施矿山地质环境恢复治理和保护工作；对地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地进行监督检查；依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作。
（九）法规监察科。组织对全市贯彻落实国家土地资源、矿产资源法律、法规情况进行监督检查；按规定组织实施土地、矿产执法监督和违法案件查处；组织开展对土地规划、农地转用、土地征收、土地资产处置、土地使用权交易行为和矿产非法开采、非法勘查、非法转让的监督检查；依法组织查处重大土地、矿产违法案件；负责土地矿产资源法律法规的宣传教育；承担市国土资源局内有关规范性文件合法性审核和行政复议、行政诉讼的相关工作；负责受理、办理、复查复核信访事项；负责国土资源管理法律法规政策咨询；负责征地补偿安置争议协调和裁决的受理、调查；协助有关科室办理听证事务；承办上级部门交办的信访事项；参与有关重要文稿的起草及审核工作。
（十）人事科。负责机关及直属单位的人事、劳动工资和机构编制管理；负责所辖各县国土资源局党政领导班子及市国土资源局机关和直属部门科级干部的管理；组织实施教育培训工作；负责机关离退休干部管理服务工作；指导直属单位的离退休干部工作；组织编制和实施全市国土资源科技与外事工作规划和计划；负责全市国土资源行业科技立项，科技成果报批及全市国土资源科技成果管理工作；组织管理全市国土资源行业的对外合作与交流。
（十一）行政审批办公室。根据国家有关土地资源、矿产资源等自然资源管理的方针、政策和法律、法规，负责土地资源和矿产资源管理方面有关行政审批事项的受理和审批工作；负责组织协调行政审批事项的勘查、论证、审核、上报等相关工作；负责有关行政许可证的发放工作；负责行政审批专用章的使用管理；应由国土资源管理部门承担的其它行政审批事项。
党委办公室。负责机关和直属单位的党群工作。
