根据以上职责，市水利局设4个职能科室：

（一）办公室

协助局领导对各科（室）进行综合协调，组织机关日常工作；负责督促检查各科（室）、局直属单位对重要工作和局领导交办事项的执行落实情况并及时向局领导报告。承办机关文秘档案、政策调研、政务信息、保密保卫、会务接待；负责机关内部规章制度建设、车辆及后勤管理；负责局机关和直属单位的干部人事、劳动工资、机构编制管理；水利系统劳动工资统计工作；负责公务员、事业单位工作人员年度考核；专业技术人员培训、考评工作；负责全局干部的教育管理、考核任免工作；负责组织全局干部职工学习领会中央、省、市委制定的路线、方针、政策并贯彻落实；负责党组织建设、班子建设、思想建设和精神文明建设；党员教育管理、妇女、共青团、计生等工作；负责全局宣传、社会治安综合治理工作。履行全局纪检监察监督、教育、惩处和保护等职能，负责全局纪检监察工作。负责全局党务工作，宣传和执行党的路线、方针政策及上级组织和本级组织的决议，发挥党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。

（二）计划财务审计科

负责拟定全市水利发展战略、中长期规划和年度计划；组织拟定水利长期供求规划，组织编制中小型水利基本建设项目建设书和可行性报告并承办审查报批工作；负责拟定全市水利行业的经济调节措施，对水利资金的使用进行宏观调节；监督水利系统国有资产的保值和增值；研究提出有关水利的价格、财务等经济调节意见，监督各项水费收缴和使用管理；负责全市重点水利工程项目财务决算编制和审查工作；负责全市水利（水产）基本建设资金、专项资金及局直属单位的资金调控拨付及财务检查、监督使用管理工作。负责全市水利系统的财务内部审计。负责职工医疗保险工作。组织编制和上报全市水利建设计划和统计工作。

（三）建设与管理科

负责全市河道、水库、湖泊等水域、岸线、河堤、水闸等水利工程管理和保护的规章制度及技术标准的监督实施；负责水利工程建设的招投标管理工作；负责本市管水利工程建设项目和市管水利工程建设项目的设计审核；负责市管水利工程的竣工验收；负责水利工程建设的质量监督管理；对国管堤防、中小型水库、万亩以上灌区等管理单位进行管理；对主要江河的综合治理与开发利用规划进行审核，指导水利行业的供水，水电管理工作；指导节水灌溉技术的推广运用；负责督促工程建设安全生产管理。组织编制全市流域综合规划和专项规划，协调流域开发工作；并对其进行审核；按照流域规划的要求，对小型水电站建设的选址、库容规划提出意见；组织协调水利工程初步设计的初审上报及市管初步设计审批工作。

（四）水政水产科（行政审批办公室）

负责拟定全市水利法制建设规划；负责水利政策调查研究，制定我市发展水产业的规范性文件；负责水产技术推广和水产品质量安全检测、水生动物防疫及检疫工作；负责检查指导水政监察、水行政执法和渔政执法工作；监督各科（室）行政执法岗位责制的贯彻落实和有关行政审批项目及行政处罚项目的审核；协调处理水事、渔事纠纷工作，承办行政复议、诉讼、普法和涉法纠纷工作。负责政务公开、四防安全、信访和人大建议及政协提案的办理工作。

贯彻实施国家有关渔业工作的方针、政策和法律、法规；制定我市渔业发展中长期规划、专业规划和年度计划并组织实施。研究提出我市渔业发展相关法规、规章和重大政策建议并组织实施；负责渔业项目的初审和申报工作；负责水产品质量安全及渔业生产安全管理工作；负责渔业统计报表工作。负责制定市本级水利经济发展的中长期规划；负责水利风景区项目的申报和管理；负责贷款贴息项目的审查和申报。拟定全市水利、水产、水土保持科学技术发展规划；承办水利、水产、水土保持科研成果、新技术开发、应用和推广工作。

根据国家、省关于水行政和渔业管理工作的方针、政策、法律、法规，负责水行政和渔业管理方面有关行政审批事项的受理和审批工作；负责组织协调行政审批事项的勘查、论证、审核等相关工作；负责有关行政许可证的发放工作；负责行政审批专用章的使用管理；负责行政审批事项的行政应诉；负责法律、法规、规章规定承担的其它行政审批事项。