区水利局设9个内设机构。
（一）办公室
协助局领导组织机关日常工作；对局机关各科室工作进行综合协调和督查督办；负责机关公文处理、信息宣传、政务公开、机要保密、建议提案、史志年鉴、信访、档案、保卫等行政管理工作；负责全局重大活动、重要会议的组织工作；负责机关内部规章制度建设工作；负责机关办公和后勤服务工作。组织开展有关水利（务）改革与发展的政策研究。
（二）人事科
负责局机关、直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、职工教育等工作；负责局机关和直属单位干部的考核、调配、奖惩工作；组织指导全区水利（务）行业专业技术职务评聘工作；负责局机关及直属单位人力资源开发与引进工作；指导全区水利（务）行业职工队伍建设工作。
（三）水政水资源科
宣传贯彻国家、省、市有关法律、法规、规章；负责全区水资源统一管理、保护和监督工作；负责全区计划用水、节约用水、节水型社会建设工作；组织实施取水（含空中水、地表水、地下水、矿泉水、地热水）许可制度和水资源有偿使用制度；组织拟定全区水资源中长期供求计划和水量分配方案；负责水功能区的划分，组织向饮用水水源地等水域排污的控制和退水水质的监测；组织监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见并监督实施；按规定权限负责水利工程管理范围内设置取水口、排污口的审核审批工作；负责水利工程管理范围内工程建设方案、位置、界限及有关活动的审批，并组织实施；负责全区重大建设项目水土保持的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作；指导水生态保护与修复工作；指导饮用水源保护工作，按规定核准饮用水源地设置；组织对地下水水位、水质、地面沉降的监测，进行地下水的调查评价；参与制定流域水资源保护、水污染防治规划；研究提出有关水利（务）规范性文件和水利（务）政策并监督实施；指导雨洪资源等非传统水资源的开发利用；发布全区水资源和水质监测信息。
负责全区水行政许可，指导全区水行政执法工作，负责全区取水行政许可工作；协调水事纠纷；承办局行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；配合做好水利普法宣传教育工作。
承担局行政服务相关工作。
（四）工程管理科
指导全区水利工程管理工作；负责全区各类水利设施、水域及其岸线的管理与保护；指导辖区内流域性河道、湖泊及河口、滩地资源的治理和开发；组织、指导全区塘坝的安全监管；拟定全区防汛和重点水利工程的岁修、度汛应急工程计划并组织实施；负责全区河道、湖泊的管理、开发利用和保护工作；拟定河道、湖泊管理规范性文件，审查河道、湖泊开发利用和保护规划并监督实施；指导全区防洪和水利工程的运行管理；负责城区水利工程的科学调度。指导全区河道的长效管护工作。
（五）财务审计科
指导全区水利（务）系统财务会计和内部审计工作；负责编制区级水利（务）部门预算并监督执行；负责省、市、区级水利（务）资金的使用和监督管理；研究提出有关水利的价格、收费、税收、信贷、财务等方面意见；研究提出水利投入机制和筹资融资政策；指导全区水利（务）行业国有资产的监督管理工作；指导全区水利（务）行业经济工作；指导全区水利基本建设财务管理和会计核算；负责直属单位财务管理、内部审计和主要负责人任期经济责任审计工作。
（六）农村水利科（规划建设科）
指导全区水利规划工作，组织草拟本区水利发展战略、中长期规划和年度计划；参与制定流域防洪规划及流域（区域）水利规划等专业（项）规划；组织编制全区防洪规划、河道整治规划、水土保持规划和年度实施计划，并监督实施；负责全区水利投资计划的综合平衡，拟订全区水利固定资产投资计划；组织编制、审查全区中型水利建设项目的建议书、可行性研究报告，负责全区大中型和直属水利建设项目建议书、可行性研究报告的立项报批；负责水利综合统计工作。
指导全区水利建设工作，负责全区大中型及重点水利工程的报建登记、开工报批以及水利行业水利建设工程项目招投标活动的监督管理工作；指导全区水利工程质量监督和建设监理工作；组织审核全区水利建设相关单位的资质及执业人员的资格；贯彻执行水利建设工程定额；配合有关部门做好水利建设项目的区级验收。
组织指导全区农村水利工作；组织拟定农村水利中长期规划和年度计划并监督实施；组织指导全区农村河道和村庄河塘整治工作；指导节水灌溉工程建设工作；组织协调农田水利基本建设，指导全区农田基本建设中水利配套工程的建设和管理；配合有关部门做好农水专项资金的计划和管理工作；指导农村水利社会化服务体系的建设。
（七）区防汛防旱指挥部办公室
组织、协调、指挥、监督全区防汛防旱工作，承担区防汛防旱指挥部的日常工作；负责城区防洪工作；贯彻执行有关防汛防旱工作的法规、政策和上级防汛防旱指挥部的决定、调度命令；制订本地区防御洪涝、台风和抗旱等方案，以及减灾预案；制订防汛防旱物资的储备计划，会同有关部门做好防汛抗旱物资的储备、管理、调用及防汛抗旱资金的分配工作；组织防汛抗旱工作检查，督促度汛应急工程和水毁工程修复，督促清除行洪障碍等防汛防旱准备工作；掌握汛情、旱情、灾情和水利工程的运行状况，为领导决策提供参谋意见，及时发布水情预报、警报和汛情、旱情公报，组织防洪、排涝、抗旱调度；组织开展水旱灾害评估。编制全区防汛防旱应急预案并组织实施；指导水利突发事件的应急管理工作。
（八）给排水管理科
负责全区供排水行业管理。组织编制全区供水水源规划，编制城乡供排水管网规划；根据全区供水规划，编制中长期和年度供水计划，并督促组织实施；参与编制武进城区水污染防治规划；负责统筹全区城乡供水工作和供水企业资质审核发证工作；指导再生水等非传统水资源的开发利用工作。会同有关部门研究制订供水价格政策和自来水价格核算的组织、管理工作；负责全区排水与污水处理设施的建设和管理，对全区的房地产开发等建设项目方案实施给排水和防洪影响及水土保持监督管理，并对建设项目供排水施工图进行审查，组织实施排水许可制度，依法征收污水处理等规费，负责全区污水接管审批工作。依法查处违反城镇供排水行为。指导给排水突发事件的应急管理工作。
（九）党委办公室（纪检监察室）
协助局党委做好党务日常工作，负责局机关及直属企事业单位思想政治工作和精神文明建设；负责局管企事业单位干部的考察、任免工作；负责局机关并指导直属企事业单位党建及群团工作；负责出国政审；负责本系统的纪检监察、内保、信访工作；负责局离退休干部的管理服务工作。
