贝壳的主要成分为95%的碳酸钙和少量的壳质素。一般可分为3层，最外层为黑褐色的角质层（壳皮），薄而透明，有防止碳酸侵蚀的作用，由外套膜边缘分泌的壳质素构成；中层为棱柱层（壳层），较厚，由外套膜边缘分泌的棱柱状的方解石构成，外层和中层可扩大贝壳的面积，但不增加厚度；内层为珍珠层（底层），由外套膜整个表面分泌的叶片状霰石（文石）叠成，具有美丽光泽，可随身体增长而加厚。
方解石和霰石的主要化学成分都是CaCO3。贝壳的外层具有多条深浅颜色相间、同心环状的生长线，但它不代表年龄；它的形成是由于外套膜边缘因受某些原因（食物不足、季节不同、生殖期间等）的影响、而不能继续分泌的结果。
